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标题: 关于CP2k几何优化，轨迹文件中原子坐标和建模文件不一致的问题 [打印本页]

作者
Author: THY 时间: 2025-9-3 15:47
标题: 关于CP2k几何优化，轨迹文件中原子坐标和建模文件不一致的问题
本帖最后由 THY 于 2025-9-3 21:52 编辑

各位老师，本人使用cp2k计算气体分子N2 在单层ZnO上的吸附过程，初始建模文件是在MS中搭建，后导出为cif，通过sob老师的Multiwfn生成inp文件进行计算

计算完成后通过轨迹文件xyz发现，xyz文件记录的第一步和初始的cif文件中有一些不一致，比如cif文件中的N2键长是1.108埃（下图左），而xyz文件第一步N2的键长是1.126埃（下图右）并且下方单层ZnO还出现一定的凹陷，请问这是问什么？

按道理来说xyz文件中，第一步的原子坐标不是应该严格等于cif文件吗？

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-4 08:05
优化过程产生的xyz轨迹文件里的第1帧对应的是优化后的第1步，而不是初始结构

作者
Author: THY 时间: 2025-9-4 10:13

sobereva 发表于 2025-9-4 08:05
优化过程产生的xyz轨迹文件里的第1帧对应的是优化后的第1步，而不是初始结构

谢谢老师！

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