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标题: sobEDA.sh的报错问题咨询 [打印本页]

作者
Author: luoxuping 时间: 2025-9-3 23:03
标题: sobEDA.sh的报错问题咨询
使用sobEDA.sh脚本时，发现会报错，输出的.log文件中报错内容如下

******************************************
Gaussian 16:  ES64L-G16RevC.02  7-Dec-2021
               3-Sep-2025
******************************************
%chk=fragment1.chk
Route card not found.
Error termination via Lnk1e in /home/mcpe/apps/gau_lin_64/g16c02/l1.exe at Wed Sep  3 22:44:18 2025.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    0 Int=    0 D2E=    0 Chk=    0 Scr=    0
Error: segmentation violation
rax 0x0000000000000000, rbx 0x000000000921e198, rcx 0xffffffffffffffff
rdx 0x000000000001b321, rsp 0x00007ffe207f7838, rbp 0x0000000001fad8f0
rsi 0x000000000000000b, rdi 0x000000000001b321, r8  0x000000000079c550
r9  0x000000004589b610, r10 0x00007ffe207f6c20, r11 0x0000000000000202
r12 0x00007ffe207f78f0, r13 0x00007ffe207f7968, r14 0x00007ffe207f7960
r15 0x000000000921e1b8
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf630) [0x2b762314c630]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b7623691657]

我的sobEDA.sh是通过sbatch sobEDA.sh提交服务器计算的
所以里面加了
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH -o runlog
#SBATCH --time=120:00:00
#SBATCH -p q2

是为了提交给服务器计算
同时把$gau < fragment$i.gjf > fragment$i.out变成了$gau < fragment$i.gjf > fragment$i.log

后来发现是因为原来sobEDA.sh中的$gau < fragment$i.gjf &> fragment$i.log这里导致上述问题
如果把$gau < fragment$i.gjf &> fragment$i.log里面的&去掉就不会出先上述问题，即改成$gau < fragment$i.gjf > fragment$i.log

但是这样会不会导致.log文件缺失信息？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-4 08:26
用sobEDA教程自带的测试体系进行测试，结果和标准结果一样就说明自己改的能用

Route card not found这是脚本产生的gjf文件的问题，应当检查gjf文件，原理上跟你说的调用Gaussian的修改方式并不存在直接关系。&>改成&会导致错误信息没法定向到后面的文本文件里

作者
Author: luoxuping 时间: 2025-9-4 11:01
谢谢sob大人，我已经把教程里面的例子都算了一遍，发现结果都是一样的，

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