计算化学公社

标题: MOPAC&out文件使用mopac2xyz导出xyz与out文件名长度有关 [打印本页]

作者
Author: 暮色 时间: 2025-9-4 11:07
标题: MOPAC&out文件使用mopac2xyz导出xyz与out文件名长度有关
本帖最后由暮色于 2025-9-4 11:10 编辑

使用MOPAC2016对 “晶体中提出的分子团簇结构”进行H原子的结构优化，计划使用Hirshfeld surface分析展示晶体中相互作用。
过程中发现导出mopac2xyz导出xyz文件成功与否与out文件名长度有关。
步骤如下：
1：晶体结构中删除无序以及溶剂部分后使用multiwfn提取团簇得cluster结构。结构共计约800个原子。结构文件见cluster.gjf
2：使用multiwfn生成mopac输入的mop文件，在PM6-D3H4X下进行计算。并手动添加 EF noopt opt-H。输入文件见cluster.mop。同时无EF自动使用L-BFGS进行计算，见附件cluster-L-BFGS.out，这个是无法用mopac2xyz转换的，只能用EF。
3: 使用mopac计算完成后输出out文件。为mtbsicclusteropthmopac.out。
4: 使用mopac2xyz对mtbsicclusteropthmopac.out进行转换.xyz文件，输入文件后秒退。
5：将mtbsicclusteropthmopac.out改名为cluster-EF.out(见cluster-EF.zip)，输出xyz文件成功。见cluster-EF-xyz.zip
6：反复试了几次，当文件名字符超过18个字母时候会导致输入秒退，18个字母及其以下是可以输出xyz的。
分享供大家参考，顺带反馈给Sob老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-4 19:33
跟文件名长度没关系，只不过输入文件包括路径的总长度不能超过80个字符，字符串长度就是80。不建议把路径和文件名搞得老长

作者
Author: 维光 时间: 2025-12-11 20:18
你好，请问你这里还有linux版的MOPAC2016安装包吗？目前官网上只看到了最新版本的MOPAC，但是使用后发现和集群不匹配

作者
Author: mohui 时间: 2026-1-7 23:53
本帖最后由 mohui 于 2026-1-8 00:03 编辑

维光发表于 2025-12-11 20:18
你好，请问你这里还有linux版的MOPAC2016安装包吗？目前官网上只看到了最新版本的MOPAC，但是使用后发现和 ...

我们实验室的电脑有，但是它用不了，我看这条博文才知道，http://bbs.keinsci.com/thread-41935-1-1.html，然后去下载了新的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)