标题: gromocas定义二茂铁在N端修饰的非天然残基报错 [打印本页] 作者Author: xsc6 时间: 2025-9-4 19:54 标题: gromocas定义二茂铁在N端修饰的非天然残基报错 各位老师好，我现在希望能够在gromacs中能够定义一个二茂铁在N端修饰的非天然残基，过程参考了：https://zhuanlan.zhihu.com/p/615285550其中的方法，但是始终出现：“Fatal error:
There is a dangling bond at at least one of the terminal ends and the force
field does not provide terminal entries or files. Fix your terminal residues
so that they match the residue database (.rtp) entries, or provide terminal
database entries (.tdb).”的报错，我知道可能是修改rtp文件出现问题，但始终没找到原因，想向各位老师请教一下问题出现在哪里。我的具体步骤如下：
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（1）前期通过几何优化、振动分析合RESP电荷计算，同时利用sobtop产生.rtp文件。
（2）将[atomtypes]字段中的UF_Fe行添加到ffnonbonded.itp中，其余删除
（3）将UF_Fe行添加到atomtypes.atp中，其余删除
(4) 残基名改成[FC]
(5) 参考标准氨基酸的写法，删除了封端部分的原子，此外将[atoms] [bonds]等中：C端的C21改成C，O22改成O，N23改成+N，H24改成+H，C25改成CA，并删除了NME封端上不相关的成键项
（6）rtp文件加入力场中，residuetypes.dat上加上 FC Protein
（7）构建了一个Fc-FF文件（N端修饰的二苯丙氨酸），即FcFF.gro（这里还想请教一下各位老师构建非天然残基比较好的办法，我是avogadro剪了一个FF，然后gview拼接了一个Fc，但这样Fc部分在后面，且没有残基名，然后我又open babel转了gro，然后手动将FC挪到前面，这样原子序号也没变，想问一下有什么比较快速方法构建出符合gromacs结构的输入文件呢）
（8）运行pdb2gmx -FcFF.gro，出现上述报错
后记：参考原来力场文件中端基[ACE]写法，去掉了[bonds]中的 C +N这一行，出现了新的报错：“Fatal error:
There were 21 missing atoms in molecule Protein, if you want to use this
incomplete topology anyhow, use the option -missing” 似乎是连接关系有问题，我不太清楚这里几个文件中原子顺序是怎么样的，原本[atoms]中顺序是C1 C2 C3 ....但是C1实际是连着C3和C7，这样会报错么？是否需要哪个文件中的修改顺序呢？现在看起来这些连接关系或者是原子都没读到
在sob老师的讲义中写道：“pdb里的原子顺序与rtp里可以不同，pdb2gmx会按照原子名来匹配”
再后记：可能是我的gro文件问题，因为我自己改过，gro文件vmd没读出来，multiwfn载入报错，想咨询一下这种非标准参加的pdb文件应该怎么建比较好啊（gaussview建出来这种就没有残基名没法读取）） (, 下载次数 Times of downloads: 0)