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标题: gromacs模拟蛋白质吸附在金平面，RMSD后期波动，我想问结构稳定了吗? [打印本页]

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Author: 十四~ 时间: 2025-9-5 10:13
标题: gromacs模拟蛋白质吸附在金平面，RMSD后期波动，我想问结构稳定了吗?
本帖最后由十四~ 于 2025-9-5 10:14 编辑

各位大神，金平面和蛋白质初始结构是我手动搭建的。我在跑蛋白质骨架RMSD过程中，发现前70ns还算稳定，70到100ns又开始波动。RMSD的值最大有2nm
这样子0到100ns能直接拿来用吗？
下面是最后一帧的轨迹，蛋白质是个二聚体，整个过程慢慢分开，然后左侧蛋白质有少部分超出了盒子边界。
我想要的结果是蛋白质的二级结构（螺旋结构等等）总体稳定，我算了各类二级结构演化图很稳定，但是rmsd又挺大。
想问问大神，我能不能直接就用这100ns的轨迹？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2025-9-5 10:32
算rmsd要看你对齐的谁

作者
Author: liulai 时间: 2025-9-5 10:34

喵星大佬发表于 2025-9-5 10:32
算rmsd要看你对齐的谁

您好，我是作者，算rmsd两次都选择的是backbone

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-5 12:05
问题不大，虽然可以再跑50ns观望

作者
Author: liulai 时间: 2025-9-6 15:58

sobereva 发表于 2025-9-5 12:05
问题不大，虽然可以再跑50ns观望

G:\360MoveData\Users\Administrator\Desktop\图片1.png老师您好，想问一下我多跑了50ns，现在结果怎么样呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-6 16:30

liulai 发表于 2025-9-6 15:58
老师您好，想问一下我多跑了50ns，现在结果怎么样呢？

充分平衡了

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