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标题: gromacs计算聚合物与碳纳米管之后，如何分析得到接触面积和结合能？ [打印本页]

作者
Author: xzeli 时间: 2025-9-5 11:07
标题: gromacs计算聚合物与碳纳米管之后，如何分析得到接触面积和结合能？
各位老师好，我想问一下gromacs计算这种聚合物与碳纳米管之后，如何分析得到接触面积和结合能？ (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-5 12:03
计算整体面积，与每个片段面积相减，然后除以2
定义能量组，得到模拟过程中片段间相互作用能随时间的变化，并取时间平均

作者
Author: xzeli 时间: 2025-9-5 14:12

sobereva 发表于 2025-9-5 12:03
计算整体面积，与每个片段面积相减，然后除以2
定义能量组，得到模拟过程中片段间相互作用能随时间的变化 ...

谢谢社长回复。我还有一些疑问希望社长不吝赐教
关于接触面积，我有阅读社长《使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积》的帖子，想知道是用gmx sasa分别计算整体组和两个单体组的面积，还是分别计算A、B和AB复合物再进行面积呢
关于自由能计算，gromacs能够直接分析吗还是需要gmx_MMPBSA加AMBER Tools来协助分析呢
再次感谢社长回复

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