计算化学公社

标题: 为什么我在用sobtopo生成的H2PO4-多了两个键？ [打印本页]

作者
Author: ztt20020107 时间: 2025-9-5 14:16
标题: 为什么我在用sobtopo生成的H2PO4-多了两个键？
为什么我在用sobtopo生成的H2PO4-的gro文件多了两个键？本来是图一这样的，为什么用sobtop生成gro文件后多了两个键啊？

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-5 15:42
sobtop拼错了
gro文件又不包含键连关系，itp文件没错的话就没啥问题

作者
Author: xsc6 时间: 2025-9-5 23:15
没有叫sobtopo的软件
仔细看http://sobereva.com/534

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-6 15:42
好好把此文看了，搞清楚VMD判断成键的逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

VMD是怎么显示的跟sobtop产生的拓扑文件根本没丝毫联系，sobtop又不会修改你提供给sobtop的输入文件里的几何结构。把逻辑想清楚，避免胡乱联想

作者
Author: ztt20020107 时间: 2025-9-6 18:45

KazusaT 发表于 2025-9-5 15:42
sobtop拼错了
gro文件又不包含键连关系，itp文件没错的话就没啥问题

好的，应该就是原子之间距离太近了，VMD自动判断为成键了

作者
Author: ztt20020107 时间: 2025-9-6 18:46

sobereva 发表于 2025-9-6 15:42
好好把此文看了，搞清楚VMD判断成键的逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://soberev ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: ztt20020107 时间: 2025-9-6 18:47

xsc6 发表于 2025-9-5 23:15
没有叫sobtopo的软件
仔细看http://sobereva.com/534

好的，打的时候打错了，谢谢

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