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标题: 电荷密度差的等值面只有青色 [打印本页]

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-6 02:46
标题: 电荷密度差的等值面只有青色
本帖最后由 moiraaa 于 2025-9-6 03:38 编辑

我想得到newSLS和水的电荷密度差值的等值面，于是我用Multiwfn产生水和PAA结合的wfn文件以及两个单体的wfn文件，（指令：先输入newSLS+水一起的wfn文件→5→0→2→“-,D:\gaosi\H2O.wfn”→“-,D:\gaosi\newSLS.wfn”→1→3→2），得到density.cub文件，再将这个cub文件导入Vaste时，等值面只能显示青色（positive和negative），但是当positive时颜色就没了，negative时还是黄色，不知道是为什么，请求各位老师帮助

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-6 16:13
你这个等值面图本来就是错的，求差的波函数文件里坐标都不对应，因而导致等值面出现了不该出现的位置。注意看下文里nosymm的相关描述
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

当前无非就是等值面数值之类设置问题。若用不熟VESTA就用下文的脚本通过VMD显示
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html）

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-6 20:43

sobereva 发表于 2025-9-6 16:13
你这个等值面图本来就是错的，求差的波函数文件里坐标都不对应，因而导致等值面出现了不该出现的位置。注意 ...

好的，谢谢社长

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-7 03:24

sobereva 发表于 2025-9-6 16:13
你这个等值面图本来就是错的，求差的波函数文件里坐标都不对应，因而导致等值面出现了不该出现的位置。注意 ...

社长好，我重新添加nosymm的关键词优化了单体和整体（水没有重新优化），然后按照相同的步骤但是得到的是一样的图和结果，这是为什么（单体和昨天的不一样）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-7 14:58

moiraaa 发表于 2025-9-7 03:24
社长好，我重新添加nosymm的关键词优化了单体和整体（水没有重新优化），然后按照相同的步骤但是得到的是 ...

只能优化整体，片段不能重新优化。认真看我的绘制密度差的博文

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-8 17:40
本帖最后由 moiraaa 于 2025-9-8 18:03 编辑

sobereva 发表于 2025-9-7 14:58
只能优化整体，片段不能重新优化。认真看我的绘制密度差的博文

社长好，但是您在这里计算时，water1和water2并没有写要删除nosymm诶
然后我又用原来的PAA.wfn做了一遍还是不太对
这里只有negative，这是为什么呢

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-8 18:20

moiraaa 发表于 2025-9-8 17:40
社长好，但是您在这里计算时，water1和water2并没有写要删除nosymm诶
然后我又用原来的PAA.wfn做了一遍还 ...

我上传一下文件 (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-8 20:06

moiraaa 发表于 2025-9-8 17:40
社长好，但是您在这里计算时，water1和water2并没有写要删除nosymm诶
然后我又用原来的PAA.wfn做了一遍还 ...

谁让你删nosymm了？本来片段计算就该带着nosymm，删了就大错特错了
认真一个字一个字重新阅读博文、好好理解博文，写得没法更清楚

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-8 20:07

moiraaa 发表于 2025-9-8 18:20
我上传一下文件

描述问题的时候必须清楚完整，具体在Multiwfn里都输入了什么，一次性描述清楚，使得别人能精确重复出你用Multiwfn获得密度差的cube文件的过程，免得让别人猜你是怎么做的。就随便传四个文件，也不给具体解释，都不知道分别是干嘛的，我拒绝回答。

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-8 21:12

sobereva 发表于 2025-9-8 20:06
谁让你删nosymm了？本来片段计算就该带着nosymm，删了就大错特错了
认真一个字一个字重新阅读博文、好好 ...

我明白了，您的意思不是说要删除nosymm,是片段不能在原来没有nosymm的基础上加nosymm重新优化，而是直接nosymm优化片段，对吗

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-8 21:17

sobereva 发表于 2025-9-8 20:07
描述问题的时候必须清楚完整，具体在Multiwfn里都输入了什么，一次性描述清楚，使得别人能精确重复出你用 ...

好的，社长

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-9 00:57

sobereva 发表于 2025-9-8 20:07
描述问题的时候必须清楚完整，具体在Multiwfn里都输入了什么，一次性描述清楚，使得别人能精确重复出你用 ...

社长好，我想得到PAA和水的电荷密度差值的等值面图，于是我用Multiwfn产生水和PAA结合的wfn文件以及两个单体的wfn文件（输入fchk文件→100→2→5），再去用以下指令：先输入PAA+水一起的wfn文件→5→0→2→“-,D:\gaosi\H2O\SH2O.wfn”→“-,D:\gaosi\PAA\PAA.wfn”→1→3→2，得到density.cub文件，再将这个cub文件导入Vaste时，等值面只能显示黄色（negative），negative时还是黄色，不知道是为什么

我的PAA和水复合的文件以及PAA和水的单体的文件都是用来nosymm重新优化，不是继续优化的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-9 12:03

moiraaa 发表于 2025-9-8 21:12
我明白了，您的意思不是说要删除nosymm,是片段不能在原来没有nosymm的基础上加nosymm重新优化，而是直接n ...

片段的坐标必须用复合物里的坐标，不能再优化。认真看下文里“绘制某个体系与组成它的各个片段的密度差图实例”那节的例子，不要做任何多余的事
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-9 12:06

moiraaa 发表于 2025-9-9 00:57
社长好，我想得到PAA和水的电荷密度差值的等值面图，于是我用Multiwfn产生水和PAA结合的wfn文件以及两个 ...

你传的是三个完全相同的文件

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-10 00:21

sobereva 发表于 2025-9-9 12:03
片段的坐标必须用复合物里的坐标，不能再优化。认真看下文里“绘制某个体系与组成它的各个片 ...

啊，我终于明白了您的意思，谢谢您

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-10 00:26

sobereva 发表于 2025-9-9 12:06
你传的是三个完全相同的文件

我看了一下确实是一样的，我先去重新试试

作者
Author: moiraaa 时间: 2025-9-11 17:07

moiraaa 发表于 2025-9-10 00:21
啊，我终于明白了您的意思，谢谢您

终于成功了，谢谢社长

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