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标题: 如何将excel表格中小分子smile批量转换成三维sdf格式的分子？ [打印本页]

作者
Author: 志同道合 时间: 2025-9-6 10:41
标题: 如何将excel表格中小分子smile批量转换成三维sdf格式的分子？
我是从ChemBL中下载下来的目标蛋白质的小分子数据库，我发现Chembl只能下载含有小分子smile式的excel表格，现在我想要将这些小分子全部转化成三维sdf格式的分子，用chem3D的话只能一个一个转，请问有没有能够批量将表格中的smile式转换成三维sdf格式分子的方法？

作者
Author: wal 时间: 2025-9-6 11:04
写个脚本用openbabel或者rdkit转换
可以参考我的脚本[辅助/分析程序] SmilesFakeG：极懒主义从chemdraw生成Gaussian输入文件，把fakeg的逻辑去掉就行

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-6 14:50
参考sob老师的这篇博文最后一个section http://sobereva.com/440

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