计算化学公社

标题: 伞状抽样利用pull无法让配体沿着能垒最小路径脱离蛋白，如何解决？ [打印本页]

作者
Author: AxiEJohn 时间: 2025-9-7 12:33
标题: 伞状抽样利用pull无法让配体沿着能垒最小路径脱离蛋白，如何解决？
刚学习伞状抽样并尝试利用其计算蛋白质-配体自由结合能。请问各位老师，伞状抽样利用pull不一定让配体沿着能垒最小路径脱离蛋白，这该如何解决？

由于目前所学的pull只能沿着坐标轴牵拉，而配体脱离蛋白质口袋的路径大部分情况下不是一条直线，这就导致了pull过程中配体可能是硬生生将蛋白质口袋撞开而脱离，似乎高估了自由结合能，请问我该如何改进呢？

目前能想到的就是利用colvars增强采样，CV设为配体和蛋白质之间的距离从而让配体自己远离，请问这可行吗，请问大家一般都是如何处理的呢？希望各位老师不吝赐教，谢谢

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-7 14:27
Gromacs 用colvars 或 plumed 跑 metadynamics或其他增强采样方法

Amber的话可以尝试GaMD/LiGaMD

作者
Author: AxiEJohn 时间: 2025-9-7 15:37

student0618 发表于 2025-9-7 14:27
Gromacs 用colvars 或 plumed 跑 metadynamics或其他增强采样方法

Amber的话可以尝试GaMD/LiGaMD

学到了，谢谢您的意见

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)