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标题: 使用超算提交Gaussian计算任务时结果报错，此时超算作业状态显示计算完成 [打印本页]

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-7 16:34
标题: 使用超算提交Gaussian计算任务时结果报错，此时超算作业状态显示计算完成
本帖最后由总是学不会于 2025-9-7 17:07 编辑

最后面的输出日志是这样的，请问哪里出了问题
Problem with file /home/u2024111447/share/zy/g16/l1.exe omode 33261 compare 7.
/var/spool/slurm/d/job477628/slurm_script: line 13: 45112 Segmentation fault (core dumped) $HOME/share/zy/g16/g16 CH4.gjf

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-7 22:01
1. 先测试输入文件在本地是否能跑
2. 你的环境变量写的好奇怪，可以看看Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-8 09:41
输入文件在自己电脑上是能跑的，这个环境变量是根据学校超算教程写的，问了管理员也没说个所以然

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-8 09:58
这应该和使用教程是一样的，我就是把复制路径变了一下

作者
Author: wal 时间: 2025-9-8 11:30
%nproshared这种写法是能认的吗？

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-8 14:44

wal 发表于 2025-9-8 11:30
%nproshared这种写法是能认的吗？

我后面改成了%nprocshared输出日志还是一样的
Problem with file /home/u2024111447/share/zy/g16/l1.exe omode 33261 compare 7.
/var/spool/slurm/d/job477686/slurm_script: line 13: 44059 Segmentation fault (core dumped) $HOME/share/zy/g16/g16 CH4.gjf

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-8 16:04
如果是平台要求你这样写slurm脚本的话，建议你询问管理员。

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-8 16:30

KazusaT 发表于 2025-9-8 16:04
如果是平台要求你这样写slurm脚本的话，建议你询问管理员。

问了管理员就是让我自己去调试，调试完了之后又让我去学习集群相关知识，太难搞了

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-8 22:11

总是学不会发表于 2025-9-8 16:30
问了管理员就是让我自己去调试，调试完了之后又让我去学习集群相关知识，太难搞了

1. 把报错的输出文件整个上传看一下
2. 用ls -l检查g16相关目录的权限
3. 把运行的指令写成形如g16 < test.gjf > test.out的形式试试

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-9 14:44
这个就是报错的输出文件，和之前是一样的

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-9 14:49

KazusaT 发表于 2025-9-8 22:11
1. 把报错的输出文件整个上传看一下
2. 用ls -l检查g16相关目录的权限
3. 把运行的指令写成形如g16 < t ...

g16文件中权限都是-rwxr-xr-x，后面文件名颜色是紫色的应该是文件夹，权限都是drwxr-xr-x

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-9 14:56
把运行的指令写成g16 < test.gjf > test.out的形式还是会报错

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-9 14:59
用g16 < test.gjf > test.out后面还输出了一个out文件

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-9 15:59

总是学不会发表于 2025-9-9 14:59
用g16 < test.gjf > test.out后面还输出了一个out文件

out文件中写的很清楚了：
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
把你的g16目录权限改为750即可

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-9 16:00

KazusaT 发表于 2025-9-9 15:59
out文件中写的很清楚了：
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Files in the Gaussian directory a ...

好的好的，我去试试

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-9 16:08

KazusaT 发表于 2025-9-9 15:59
out文件中写的很清楚了：
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Files in the Gaussian directory a ...

已经是可以了，太谢谢您了

作者
Author: 总是学不会 时间: 2025-9-9 16:19

KazusaT 发表于 2025-9-9 15:59
out文件中写的很清楚了：
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Files in the Gaussian directory a ...

已经算出结果了，太谢谢您了

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