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标题: 跑NPT系综4710个原子的电解液体系，mdp文件的参数如何确定？ [打印本页]

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Author: Wxh18130507355 时间: 2025-9-8 12:18
标题: 跑NPT系综4710个原子的电解液体系，mdp文件的参数如何确定？
想请教一下sob老师及各位大佬，针对包含有4710个原子的电解液体系（其中包含有260个四氢吡喃溶剂分子、60个锂离子、50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子、10个硝酸根离子），
使用gromacs对该体系跑NPT系综，其mdp文件的参数应如何确定呀，请问有相关的参考吗，我使用如下的mdp模板跑有没有问题呢？恳请各位解答一下

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以下是top文件及能量最小化后的结构文件：
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-8 13:42
当前mdp没明显问题。培训里给的NPT模板对于一般的均相分子液体都是普适的。

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里给了面相不同问题的海量模拟例子，“GROMACS的使用基础”一节也给了mdp设置的超级完整、系统的讲解。参考培训里的例子和对mdp讲解根据实际情况恰当设置mdp就完了，没法讲得更详细了。

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-9-8 16:33
好滴sob老师，我去年参加过了第15届培训班，但是我学的有些马虎，按照sob老师您的意思，对于手册上85页中file\mdp模板目录中的md_heat_NPT.mdp文件与md_NPT.mdp文件，应该先使用md_heat_NPT.mdp文件进行预平衡，然后再使用md_NPT.mdp文件进行产生相，这样一个md的过程就跑完了，我理解的对吗sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-8 19:43

Wxh18130507355 发表于 2025-9-8 16:33
好滴sob老师，我去年参加过了第15届培训班，但是我学的有些马虎，按照sob老师您的意思，对于手册上85页中fi ...

是。但是能够达到平衡的时间和体系有密切联系，需要自行监控达到平衡的情况，必要时增加预平衡的时间再做产生相模拟

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-9-10 09:58

sobereva 发表于 2025-9-8 19:43
是。但是能够达到平衡的时间和体系有密切联系，需要自行监控达到平衡的情况，必要时增加预平衡的时间再做 ...

好滴，了解了sob老师

，还想请问一下sob老师，对于我这样的一个体系（总共4710个原子，包含有260个四氢吡喃溶剂分子、60个锂离子、50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子、10个硝酸根离子），跑NPT预平衡dt = 0.002 ps , nsteps = 500000 ；然后NPT产生相dt= 0.002 ps , nsteps = 5000000 ,这样的参数够嘛，请教sob老师有没有更合理的建议！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-10 11:34

Wxh18130507355 发表于 2025-9-10 09:58
好滴，了解了sob老师，还想请问一下sob老师，对于我这样的一个体系（总共4710个原子，包含有26 ...

没明显问题

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-9-10 11:48

sobereva 发表于 2025-9-10 11:34
没明显问题

好滴，谢谢sob老师的指点！

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Author: 璃陌51129 时间: 2025-10-21 22:04
同学可以分享一下md_heat_NPT.mdp和md_NPT.mdp这两个文件吗

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-20 10:41

璃陌51129 发表于 2025-10-21 22:04
同学可以分享一下md_heat_NPT.mdp和md_NPT.mdp这两个文件吗

这两个哈 (, 下载次数 Times of downloads: 8)
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