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标题: 关于mdrun使用-pin on核心调度异常求助 [打印本页]

作者
Author: 白也 时间: 2025-9-9 09:52
标题: 关于mdrun使用-pin on核心调度异常求助
cpu为双路Intel(R) Xeon(R) Gold 5220R CPU，单颗cpu有24个核心。一共48个核心，96线程。
这是使用lscpu指令得到的信息，从给出的信息来看，0号cpu对应线程编号0-23,48-71；1号cpu对应线程编号24-47,72-95。
CPU MHz:          2200.000
CPU max MHz:       4000.0000
CPU min MHz:       1000.0000
BogoMIPS:          4400.00
Virtualization:    VT-x
L1d cache:          32K
L1i cache:          32K
L2 cache:          1024K
L3 cache:          36608K
NUMA node0 CPU(s): 0-23,48-71
NUMA node1 CPU(s): 24-47,72-95

使用指令如下: gmx mdrun -s md.tpr -deffnm md -ntmpi 4 -ntomp 6 -gpu_id 0 -nb gpu -bonded gpu -update gpu -pin on -pinoffset 0 -v ，
按照我的理解，这样设置会优先使用第一个cpu的全部24个核心，但是现在是两个cpu的核心各占一半吗？

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作者
Author: abin 时间: 2025-9-9 12:51
使用调度器

作者
Author: 白也 时间: 2025-9-9 16:11

abin 发表于 2025-9-9 12:51
使用调度器

谢谢您，那这是因为系统层面有问题还是gmx设置有问题？这个调度器又该怎么使用吗？

作者
Author: lmch 时间: 2025-9-10 10:07
装个slurm. map by socket
不过跑gpu没啥必要分ntmpi，ntmpi=1，omp=24/48，用一颗cpu足矣。
倘若支持，不装调度器，试试如下环境变量，
export OMP_NUM_THREADS=XXXXX（-ntomp值）
export OMP_PLACES=cores
export OMP_PROC_BIND=close

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