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标题: HAP体系MD模拟后水溶液出现真空区 [打印本页]

作者
Author: wanwen 时间: 2025-9-9 11:00
标题: HAP体系MD模拟后水溶液出现真空区
卢老师，您好。
我目前模拟的体系是多肽吸附在HAP(羟基磷灰石)表面，以下是md.mdp的内容
title = MD simulation
define    =
; Run parameters
integrator = md
nsteps = 2500000
dt       = 0.001;
; Output control
nstxout          = 5000
nstvout          = 5000
nstenergy          = 5000
nstlog          = 5000
nstxout-compressed  = 5000

compressed-x-grps = System
; Bond parameters
continuation          = yes
constraint_algorithm = lincs
constraints             = h-bonds
lincs_iter             = 1
lincs_order             = 4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid
nstlist       = 10
rcoulomb       = 1.2
rvdw       = 1.2
; Electrostatics
coulombtype       = PME
pme_order       = 4
fourierspacing = 0.16
; Temperature coupling is on
tcoupl = V-rescale
tc-grps = Protein PHS PH1 PH2 HYD CA8 water_and_ions
tau_t = 0.1    0.1 0.1  0.1 0.1  0.1  0.1
ref_t = 300    300  300  300 300 300  300
; Pressure coupling is on
pcoupl          = C-rescale
pcoupltype          = isotropic
tau_p          = 2.0
ref_p          = 1.0
compressibility    = 4.5e-5

; Periodic boundary conditions
pbc = xyz
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel = no

以下是图：
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
模拟前面几个阶段包括NPT没有出现这种情况，另外，我之前有把HAP中间层进行了固定，上下表面以及其他部分未固定，采用Parrinello-Rahman，Berendsen 来跑MD也是会出现真空区的情况，请老师您多多指教和批评。非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-9 11:45
用semiisotropic方式控压，否则z方向盒子尺寸没法合理调节

控温组别划分得那么细碎，有害无益。slab、蛋白以外应当当一个控温组。

没事甭写多余的fourierspacing = 0.16

作者
Author: wanwen 时间: 2025-9-9 20:40

sobereva 发表于 2025-9-9 11:45
用semiisotropic方式控压，否则z方向盒子尺寸没法合理调节

控温组别划分得那么细碎，有害无益。slab、蛋 ...

谢谢老师对我的帮助。另外我在用NPT.mdp跑的时候出现：ERROR 1 [file npt.mdp, line 46]:
  Right hand side '2.0 2.0' for parameter 'tau_p' in parameter file is not a real value
.mdp内容为：
pcoupl       = Berendsen
pcoupltype       =       semiisotropic
tau_p          = 2.0 2.0
ref_p          = 1.0 1.0
compressibility = 4.5e-5  4.5e-5
refcoord_scaling = com
请老师指教。

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-9 22:58

wanwen 发表于 2025-9-9 20:40
谢谢老师对我的帮助。另外我在用NPT.mdp跑的时候出现：ERROR 1 [file npt.mdp, line 46]:
Right hand ...

tau_p是压力耦合的时间常数，可以粗浅的理解为压力的变化速率，这个值对两个方向是一样的，不要像ref_p那样设两次

作者
Author: wanwen 时间: 2025-9-9 23:13

KazusaT 发表于 2025-9-9 22:58
tau_p是压力耦合的时间常数，可以粗浅的理解为压力的变化速率，这个值对两个方向是一样的，不要像ref_p那 ...

好呢，谢谢您

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