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标题: 为什么二面角拟合时MM能量大于QM能量 [打印本页]

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Author: lts！ 时间: 2025-9-9 15:59
标题: 为什么二面角拟合时MM能量大于QM能量
本帖最后由 lts！于 2025-9-13 13:48 编辑

我首先对初始结构进行DFT优化和频率计算，并用multiwfn得到了RESP电荷，通过sobtop得到itp和top文件（GAFF2力场），然后柔性扫描如图所示的二面角，将得到的结构保存为pdb文件后再转成gro文件，最后用cat命令生成多帧gro文件，然后rerun计算各个结构的potential能量作为MM能量，然后都减去初始结构的能量，最后作图。
首先有一个问题，就是在10-19-21-26二面角在旋转时，51-19-21-26也在同步的旋转，这在计算MM能量时如何处理呢。
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图1 扫描的二面角10-19-21-26
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图2 同步旋转的二面角51-19-21-26

之后我在处理itp文件时，将两个二面角其中一个的力常数设为0，和同时将两个二面角力常数都设为0，分别计算了MM能量，图中所示为MM(1)和MM(2)。发现其能量均大于QM。这是由于什么原因呢，是由于柔性扫描时还有其他二面角都发生了变化，然后力常数也不精确，导致MM能量过大吗？
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图3 二面角扫描曲线
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