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标题: 使用cp2k进行AIMD模拟共晶弛豫过程模拟温度与设置温度不同 [打印本页]

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Author: 菓瀛 时间: 2025-9-9 16:13
标题: 使用cp2k进行AIMD模拟共晶弛豫过程模拟温度与设置温度不同
各位老师好, 我用CP2K进行共晶弛豫的AIMD,是直接在官网上下载的实验晶体结构,然后扩胞至288个原子,系综是NPT_F,CSVR的热浴设置为298K,TIMECON为100,时间步长是0.5,共10000步。体系刚开始就温度暴增至1531,然后温度整体在300K~1200K波动,这是什么原因呢,应该怎么解决?
下面分别是我的输入文件,ener文件

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-9-9 16:53
晶体结构数据库有“官网”这一说吗？不过这个FOX-7和邻二氮菲的共晶没有晶体学无序/原子分数占据，氢原子数量和位置也还行，结构看着还好。

可以考虑先用相同基组泛函等设置做一下变胞优化，消除一些原子间的排斥，再作为分子动力学模拟的初始结构。CP2K目前没有恒定速率退火/线性升温的功能，MD设置的温度既用于初始化原子速度也作为热浴向平衡状态控温的参考，模拟最初几步的温度偏离设定值也算正常。只要轨迹中结构无异常变化，每一步均能SCF顺利收敛，最终的温度能在设定值附近一定幅度地上下波动就没问题。

作者
Author: 菓瀛 时间: 2025-9-9 17:08

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-9-9 16:53
晶体结构数据库有“官网”这一说吗？不过这个FOX-7和邻二氮菲的共晶没有晶体学无序/原子分数占据，氢原子数 ...

非常感谢您的解答! 老师,我想请问一下变胞优化的计算任务是不是CELL_OPT

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-9-9 17:26

菓瀛发表于 2025-9-9 17:08
非常感谢您的解答! 老师,我想请问一下变胞优化的计算任务是不是CELL_OPT

对。
……等下，通常的输入文件里&FORCE_EVAL/&DFT/&SCF下要么同时出现&DIAGONALIZATION和&MIXING两个字段，表示用对角化算法并设定密度矩阵混合方法，要么同时出现&OT和&OUTER_SCF两个字段，表示用OT算法并启用outer SCF迭代；为什么你这里是&OT和&MIXING同时出现（&MIXING对启用OT的计算并不生效），是不是从multiwfn生成之后又另外修改过？此类简单闭壳层有机小分子混合体系的MD适合用OT算法并启用outer SCF，正如http://sobereva.com/665所说有利于收敛。
此外，对变胞优化和NPT系综的分子动力学等涉及晶格矢量变化的任务而言，在&MOTION/&PRINT/&TRAJECTORY/FORMAT设置的轨迹文件输出格式应当用记录各帧盒子信息的pdb或dcd；只输出不记录盒子信息的xyz轨迹，又不设置&MOTION/&PRINT/&CELL另外输出盒子信息的话，结果无法使用。我没记错的话multiwfn默认应该是设置的pdb格式。

作者
Author: 菓瀛 时间: 2025-9-9 17:32

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-9-9 17:26
对。
……等下，通常的输入文件里&FORCE_EVAL/&DFT/&SCF下要么同时出现&DIAGONALIZATION和&MIXING两个字 ...

非常感谢您的回复我去改一下

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