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标题: 请教关于二面角类型转换的方法 [打印本页]

作者
Author:
zwli    时间: 2025-9-9 21:56
标题: 请教关于二面角类型转换的方法
各位老师好,我想请教一个关于二面角类型转换的方法。我用AmberTools25和acpype生成了gaff的力场文件,然后获得的二面角都是type9类型的。但是为了将关键二面角拟合的更精准,想将这些type9替换为type3,是否有方法呢?

作者
Author:
snljty2    时间: 2025-9-9 23:13
本帖最后由 snljty2 于 2025-9-9 23:14 编辑

type3并不会比type9更精确呀,type3只有6项,而type9不限制项数,原理上任意Fourier级数收敛的周期函数都可以用Fourier展开得到完全精确的func9形式表达式。如果你非要换算,看手册(Reference manual)Topologies一节中File formats里面Table 14以及Interaction function and force fields一节Bonded interactions里面Proper dihedrals: Ryckaert-Bellemans function一段。
另外,由于你用柔性扫描或者其他方法获得的用来拟合数据点个数有限,并不是项数越多,越和拟合曲线一点儿不差就越好,因为有存在过拟合(overfitting)的可能。





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