计算化学公社

标题: 关于溶剂可及表面积的计算问题求助 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 2025-9-10 14:59
标题: 关于溶剂可及表面积的计算问题求助
各位老师好，我在模拟一个有机物在水中的聚集情况。利用gmx sasa -f XXX.xtc -s XXX.tpr -n index.ndx 计算了它的溶剂可及表面积（sasa）——整个有机物的sasa、其头基的sasa以及尾基的sasa。模拟期间可能发生了尾部聚集所以尾部的sasa会减小，可是为什么all的值比head要大呢？我的索引文件不同组中没有重复原子出现，求助各位老师，这是正常的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-10 19:35
all明明比head小，而不是更大

用VMD将相应部分以SAS方式显示，并且SASA也用VMD计算，图像和数据进行对照，自然能搞清楚怎么回事

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