计算化学公社

标题: 怎么让Multiwfn计算ESP时候输出的vtx.pdb文件B因子的单位固定为kcal/mol或者eV [打印本页]

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-9-10 22:04
标题: 怎么让Multiwfn计算ESP时候输出的vtx.pdb文件B因子的单位固定为kcal/mol或者eV
如题：怎么让Multiwfn计算ESP时候输出的vtx.pdb文件B因子的单位固定为kcal/mol或者eV
我导入两个分子计算，一个输出单位是kcal/mol，一个是eV，但是想放到同一张图里比较，应该怎么处理呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-10 22:23
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
用上文说的iso方式绘图
或者如果非要每个表面顶点信息，Multiwfn主功能12后处理菜单的选项8导出vtx.pqr，由于不受pdb的B因子记录格式宽度的限制，所有所有情况单位都统一

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-9-11 22:04
本帖最后由 NEW12138 于 2025-9-11 22:13 编辑

sobereva 发表于 2025-9-10 22:23
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva. ...

老师，我导出这个文件后，用VMD作图发现color method选择beta图像直接没有了，我看您关于局部静电势展现的帖子说要在 select atom栏改成resid 1，color method选择charge。1. 请问我整个分子要改select atom吗，2. 我在color method选择charge后出现了渐变的分布，请问这个值的范围我是以pqr文件的倒数第三列为准吗，因为我发现trajectory 里auto set的范围和pqr文件里实际的最大最小不一致，所以想再确认一下，3. 请问这个值的单位是a.u.吗
麻烦老师了，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-12 13:42

NEW12138 发表于 2025-9-11 22:04
老师，我导出这个文件后，用VMD作图发现color method选择beta图像直接没有了，我看您关于局部静电势展现 ...

pqr文件用的是charge那一列记录的静电势，和pdb文件不一样，仔细看导出pqr文件时候Multiwfn在屏幕上非常清楚的提示

你若想绘制整个分子的当然selected atoms用默认的all

是a.u.，仔细看Multiwfn导出文件时始终在屏幕上超级清楚的提示

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-9-12 15:31

sobereva 发表于 2025-9-12 13:42
pqr文件用的是charge那一列记录的静电势，和pdb文件不一样，仔细看导出pqr文件时候Multiwfn在屏幕上非常 ...

好的，谢谢老师，是我没有仔细看清楚

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)