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标题: CP2K编译安装过程中出现mpi相关报错 [打印本页]
作者
Author: KazusaT    时间: 2025-9-11 05:40
标题: CP2K编译安装过程中出现mpi相关报错
本帖最后由 KazusaT 于 2025-9-11 15:52 编辑

更新：经sob老师指点，已解决，toolchains编译openmpi即可
（推测可能是版本问题，toolchains自动编译安装的是508，而此前使用的是418）

各位老师好，最近在自行编译安装cp2k，从github下载了cp2k-202502后参照sob老师教程安装，toolchains没有报错，用的是之前使用orca时安装的openmpi418，gcc版本9.8.0，在编译cp2k本体时出现了问题：
  1. /usr/bin/ld: /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build/dbcsr-2.8.0/build-cpu/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:1359: undefined reference to `mpi_cart_create_'
  2. /usr/bin/ld: /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build/dbcsr-2.8.0/build-cpu/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:1364: undefined reference to `mpi_cart_get_'
  3. collect2: error: ld returned 1 exit status
  4. make[3]: *** [/home/czk/software/cp2k-2025.2/obj/local/ssmp/all.dep:181：/home/czk/software/cp2k-2025.2/exe/local/dbt_tas_unittest.ssmp] 错误 1
  5. make[3]: *** 正在等待未完成的任务....
  6. /usr/bin/gfortran -c -fno-omit-frame-pointer -fopenmp -g -march=native -mtune=native  -O3 -funroll-loops     -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/openblas-0.3.30/include' -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/fftw-3.3.10/include' -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/include' -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libxc-7.0.0/include' -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/libxsmm-e0c4a2389afba36c453233ad7de07bd92c715bec/include' -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/COSMA-2.7.0/include'  -I/home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/spglib-2.5.0/include -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/dbcsr-2.8.0/include' -fbacktrace -ffree-form -fimplicit-none -std=f2008  -Werror=aliasing -Werror=ampersand -Werror=c-binding-type -Werror=intrinsic-shadow -Werror=intrinsics-std -Werror=line-truncation -Werror=tabs -Werror=target-lifetime -Werror=underflow -Werror=unused-but-set-variable -Werror=unused-variable -Werror=unused-dummy-argument -Werror=unused-parameter -Werror=unused-label -Werror=conversion -Werror=zerotrip -Wno-maybe-uninitialized -Wuninitialized -Wuse-without-only  -D__LIBXSMM    -D__FFTW3  -D__LIBINT -D__LIBXC -D__LIBGRPP    -D__SPGLIB -D__LIBVORI -D__DBCSR    -D__COMPILE_ARCH=""local"" -D__COMPILE_DATE=""2025年 09月 11日 星期四 05:28:48 CST"" -D__COMPILE_HOST=""CZK-E5"" -D__COMPILE_REVISION=""git:3158929"" -D__DATA_DIR=""/home/czk/software/cp2k-2025.2/data"" -D__SHORT_FILE__=""eri_mme/eri_mme_lattice_summation.F"" -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/src/eri_mme/' -I'/home/czk/software/cp2k-2025.2/obj/local/ssmp/exts/dbcsr' eri_mme_lattice_summation.F90
  7. make[2]: *** [/home/czk/software/cp2k-2025.2/Makefile:148：all] 错误 2
  8. make[1]: *** [/home/czk/software/cp2k-2025.2/Makefile:130：ssmp] 错误 2
  9. make: *** [Makefile:125：all] 错误 2
复制代码
检索应该只有一个报错为：
collect2: error: ld returned 1 exit status
往上面翻发现有一系列mpi的相关提示，但不知道是不是这个原因，请问各位老师有遇到类似的情况吗？应当如何解决？
  1. /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build/dbcsr-2.8.0/build-cpu/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:1192: undefined reference to `mpi_barrier_'
  2. /usr/bin/ld: /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/dbcsr-2.8.0/lib/libdbcsr.a(dbcsr_mpiwrap.F.o): in function `__dbcsr_mpiwrap_MOD_mp_abort':
  3. /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build/dbcsr-2.8.0/build-cpu/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:1155: undefined reference to `mpi_abort_'
  4. /usr/bin/ld: /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/dbcsr-2.8.0/lib/libdbcsr.a(dbcsr_mpiwrap.F.o): in function `__dbcsr_mpiwrap_MOD_mp_world_finalize':
  5. /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build/dbcsr-2.8.0/build-cpu/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:956: undefined reference to `mpi_barrier_'
  6. /usr/bin/ld: /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build/dbcsr-2.8.0/build-cpu/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:951: undefined reference to `mpi_finalize_'
  7. /usr/bin/ld: /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build/dbcsr-2.8.0/build-cpu/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:951: undefined reference to `mpi_finalize_'
  8. /usr/bin/ld: /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/install/dbcsr-2.8.0/lib/libdbcsr.a(dbcsr_mpiwrap.F.o): in function `__dbcsr_mpiwrap_MOD_mp_reordering':
  9. /home/czk/software/cp2k-2025.2/tools/toolchain/build/dbcsr-2.8.0/build-cpu/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:904: undefined reference to `mpi_comm_group_'
复制代码
串行编译的make.log已上传

补充：系统是ubuntu 20.04，按照toolschains文件夹中的要求安装了ubuntu需要的依赖


作者
Author: sobereva    时间: 2025-9-11 05:47
串行方式编译便于找报错提示
说清楚编译环境，尤其是操作系统

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、节约下载耗时。
作者
Author: KazusaT    时间: 2025-9-11 05:58
sobereva 发表于 2025-9-11 05:47
串行方式编译便于找报错提示
说清楚编译环境，尤其是操作系统

好的老师，make clean后正在尝试make -j 1
忘记对文件压缩的要求了，以后注意。
作者
Author: KazusaT    时间: 2025-9-11 06:05
sobereva 发表于 2025-9-11 05:47
串行方式编译便于找报错提示
说清楚编译环境，尤其是操作系统

仍然是基本类似的关于mpi的提示，串行编译的make.log已上传
作者
Author: KazusaT    时间: 2025-9-11 06:30
sobereva 发表于 2025-9-11 05:47
串行方式编译便于找报错提示
说清楚编译环境，尤其是操作系统

系统是ubuntu 20.04，按照toolschains文件夹中的要求安装了ubuntu需要的依赖
作者
Author: 乐平    时间: 2025-9-11 10:59
本帖最后由 乐平 于 2025-9-11 11:00 编辑

看到你的帖子里有 “正在等待未完成的任务……”，“星期四”，“错误1”，“错误2” 之类的中文显示，不知道是不是跟系统是中文的有关？
作者
Author: KazusaT    时间: 2025-9-11 11:59
乐平 发表于 2025-9-11 10:59
看到你的帖子里有 “正在等待未完成的任务……”，“星期四”，“错误1”，“错误2” 之类的中文显示，不知 ...

我切换语言再试下
作者
Author: KazusaT    时间: 2025-9-11 13:53
本帖最后由 KazusaT 于 2025-9-11 13:58 编辑
乐平 发表于 2025-9-11 10:59
看到你的帖子里有 “正在等待未完成的任务……”，“星期四”，“错误1”，“错误2” 之类的中文显示，不知 ...

系统切换为英文仍是类似报错。
我正在尝试删除所有文件重新来过。。
作者
Author: sobereva    时间: 2025-9-11 14:39
OpenMPI也让toolchain直接装，别用本机的
作者
Author: KazusaT    时间: 2025-9-11 15:55
sobereva 发表于 2025-9-11 14:39
OpenMPI也让toolchain直接装，别用本机的

成功了，谢谢老师！
可能是版本问题，toolchains自动编译安装的是508，而此前使用的是418，不确定。

简单拿几个之前用开发人员预编译的版本跑过的结构优化计算文件试了一下，popt版本的SCF迭代步骤大概有3~5倍的速度提升，非常满意。
作者
Author: chemzhh    时间: 2025-12-23 23:44
KazusaT 发表于 2025-9-11 15:55
成功了，谢谢老师！
可能是版本问题，toolchains自动编译安装的是508，而此前使用的是418，不确定。

我在编译过程中遇到了和你相同的问题，你是如何解决的，能否详细告知，谢谢！
作者
Author: ultramanm87    时间: 2025-12-24 01:46
chemzhh 发表于 2025-12-23 23:44
我在编译过程中遇到了和你相同的问题，你是如何解决的，能否详细告知，谢谢！

如果是ubuntu22.04，可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-57462-1-2.html 注：该方法只支持popt/psmp版本



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