计算化学公社

标题: Amesp计算电荷转移积分memory不足报错 [打印本页]

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-9-11 08:54
标题: Amesp计算电荷转移积分memory不足报错
本帖最后由陈AG 于 2025-9-11 08:55 编辑

各位老师，我在用Amesp（量子化学软件Amesp简介 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社）计算二聚体的电荷转移积分时，出现了memory的报错，一开始是
server023@server023:/data/6.AG-GH/TR$ amesp input.aipOMP: Warning #181: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined
Stop : Require at least 2921MB memory to continue !
然后我修改了
# gaussian16
export g16root=~/programs
export GAUSS_EXEDIR=$g16root/g16
export GAUSS_SCRDIR=$g16root/tmp
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_MEMDEF=20000000000

# Multiwfn
export KMP_STACKSIZE=60g
ulimit -s unlimited
export PATH=$PATH:$HOME/programs/multiwfn/3.8_dev
export Multiwfnpath=$HOME/programs/multiwfn/3.8_dev

# openmpi
export PATH=$PATH:$HOME/programs/openmpi/4.1.1/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/programs/openmpi/4.1.1/lib

# orca
export PATH=$PATH:$HOME/programs/orca/5.0.4
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/programs/orca/5.0.4
alias orca='$HOME/programs/orca/5.0.4/orca'

#dalton-mpi并行版环境变量
export PATH=$PATH:$HOME/programs/dalton-mpi/dalton
export DALTON_TMPDIR=$HOME/programs/tmp
export DALTON_LAUNCHER="mpirun -np 192"

#该服务器的CPU共96核心192线程,这里值可以写成96或者192

#dalton-mkl并行环境变量
#如果启用下面的mkl并行版环境，去掉下面3行的#号，并使用#号注释上面3行mpi环境变量
#export PATH=$PATH:$HOME/programs/dalton-mkl/dalton
#export DALTON_TMPDIR=$HOME/programs/tmp
#export OMP_NUM_THREADS=192

# molclus
export PATH=$PATH:$HOME/programs/molclus/1.12

# vmd
export PATH=$PATH:$HOME/programs/vmd/1.9.3/bin
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/home/server023/programs/vmd/1.9.3/lib/vmd:$LD_LIBRARY_PATH

# xtb
export PATH=$HOME/programs/xtb/xtb-dist/bin:$PATH
export XTBPATH=$HOME/programs/xtb/xtb-dist/share/xtb
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_STACKSIZE=40g
ulimit -s unlimited
export numexpr_max_threads=20

# mokit
export MOKIT_ROOT=$HOME/programs/mokit-master_linux_py310_gcc10
export PATH=$MOKIT_ROOT/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$MOKIT_ROOT:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MOKIT_ROOT/mokit/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export GMS=$HOME/software/gamess/rungms
export PATH="$HOME/.local/bin:$PATH"

#Amesp
export PATH=$PATH:$HOME/programs/Amesp/Bin
export OMP_STACKSIZE=40g
ulimit -s unlimited
但是还是一运行就报错，于是我直接在输入文件里面添加了核数和内存
% npara 4
% maxcore 10000

这次没有一运行就报错了，输出文件也有内容，但是计算到中途的时候又memory报错了。输入输出文件如下

作者
Author: wal 时间: 2025-9-11 11:16
本帖最后由 wal 于 2025-9-11 11:18 编辑

AMESP的maxcore可能是总内存

顺带问问切片段的时候两边都是0 1能算起来吗？划分片段之后如果都不带电荷应该是自由基体系吧，自旋不应该还是1

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-9-11 11:26

wal 发表于 2025-9-11 11:16
AMESP的maxcore可能是总内存

顺带问问切片段的时候两边都是0 1能算起来吗？划分片段之后如果都不带电荷 ...

我还没算出来，不知道是什么样子的，不过他例子也都是 0 1，
内存的话，我改成50000，算一下看看还会不会报错，主要是三次内存报错，每次写的需要内存量都不一样（2921 3103 14403）

还有，大佬那你有用Amesp算过电荷转移积分吗，算完之后在哪里看呀

作者
Author: wal 时间: 2025-9-11 11:32

陈AG 发表于 2025-9-11 11:26
我还没算出来，不知道是什么样子的，不过他例子也都是 0 1，
内存的话，我改成50000，算一下看看还会不 ...

没事了，我刚刚脑子没转过来，忘记有两个孤立片段这种情况了
算完之后打印的信息还是比较浅显易懂的，你看一下就明白了

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2025-9-11 12:31
计算分成了两个单体和一个双体，单体的内存够了，双体的不够，根据最后的提示设置内存即可。

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-9-17 15:24
本帖最后由陈AG 于 2025-9-17 16:12 编辑

Warm_Cloud 发表于 2025-9-11 12:31
计算分成了两个单体和一个双体，单体的内存够了，双体的不够，根据最后的提示设置内存即可。

老师，我想请教两个问题，
问题1：是不是电荷转移积分的原理本来就是采用单体的轨道的呢，比如复合物HOMO/LUMO是314/315，单体1是147/148，单体2是167/168，计算完之后是
Orb1 ----  HOMO-1 :  146
            HOMO :  147
            LUMO :  148
            LUMO+1 :  149

Orb2 ----  HOMO-1 :  166
            HOMO :  167
            LUMO :  168
            LUMO+1 :  169

Orb1  Orb2    ee1(eV)    ee2(eV)    Je(eV) Je(kcal/mol)

146 166    -6.1696    -5.7162    0.0169    0.3899
146 167    -6.1696    -5.2223    0.0074    0.1716
146 168    -6.1696    -1.3694    -0.0090    -0.2076
146 169    -6.1696    -1.3229    0.0082    0.1897
147 166    -6.0710    -5.7162    -0.0206    -0.4753
147 167    -6.0710    -5.2222    0.0258    0.5958
147 168    -6.0711    -1.3694    0.0053    0.1221
147 169    -6.0709    -1.3227    0.0383    0.8826
148 166    -2.1979    -5.7163    -0.0055    -0.1257
148 167    -2.1948    -5.2198    0.1362    3.1396
   148 168    -2.1978    -1.3693    -0.0216    -0.4984
148 169    -2.1979    -1.3229    -0.0142    -0.3272
149 166    -1.8556    -5.7161    -0.0408    -0.9397
149 167    -1.8554    -5.2220    0.0521    1.2011
149 168    -1.8558    -1.3693    -0.0171    -0.3937
149 169    -1.8558    -1.3229    0.0197    0.4545
问题2：一个Fortran写的电荷转移积分程序 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社CT.x计算结果为
MO1  MO2    ee1(eV)    ee2(eV)    Je(eV) Je(kcal/mol)
  166  146    -10.7840    -24.5660    0.1607    3.7032
  166  147    -10.7839    -20.1762    0.1360    3.1352
  166  148    -10.7830    -13.5996    -0.2202    -5.0748
  166  149    -10.7828    -24.7604    0.2809    6.4744
  167  146    -9.8638    -24.5647    -0.0050    -0.1163
  167  147    -9.8639    -20.1754    -0.0392    -0.9045
  167  148    -9.8641    -13.5999    -0.1893    -4.3639
  167  149    -9.8631    -24.7602    0.1627    3.7507
  168  146    -12.0509    -24.5646    0.0749    1.7273
  168  147    -12.0512    -20.1753    -0.3198    -7.3715
  168  148    -12.0502    -13.5989    0.1795    4.1364
  168  149    -12.0509    -24.7610    0.0095    0.2198
  169  146    -13.4048    -24.5650    -0.0080    -0.1843
  169  147    -13.4043    -20.1745    0.4427    10.2031
  169  148    -13.4036    -13.5983    -0.2644    -6.0934
  169  149    -13.4045    -24.7603    0.1492    3.4384
利用Gaussian结合自写程序计算分子间电荷转移积分 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社10楼的修改后py脚本计算结果
server023@server023:~/Python$ python3 TR.py /data/6.AG-GH/TR 148 168
=> 读取二聚体 ...
基函数数: 1522
=> 读取单体1/2 ...

=> 指定轨道电荷转移积分 Je (Fock 投影公式)

  Orb1  Orb2    e1 eV    e2 eV    J meV       S Je meV
148 168    2.123 -4.155  1110.428    0.001  1111.620

=> 能级分裂法 ΔE/2

匹配到的二聚体 MO: 1006 (E=44.251 eV), 1011 (E=45.077 eV)
ΔE = 0.825400 eV
V_split = ΔE/2 = 0.412700 eV = 412.700 meV

为啥这三个的差距这么大呢

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2025-9-19 17:58

陈AG 发表于 2025-9-17 15:24
老师，我想请教两个问题，
问题1：是不是电荷转移积分的原理本来就是采用单体的轨道的呢，比如复合物HOM ...

回答1：通过两个单体的波函数与双体的Fock矩阵计算得到。
回答2：试试一个小的例子看看？

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-10-15 10:28
本帖最后由陈AG 于 2025-10-15 10:39 编辑

Warm_Cloud 发表于 2025-9-19 17:58
回答1：通过两个单体的波函数与双体的Fock矩阵计算得到。
回答2：试试一个小的例子看看？

老师，我试了一下其他体系（两个相同电子传输材料分子组成的二聚体）。
方法1:二聚体优化后（ opt freq B3LYP/6-31G* em=GD3BJ）使用Amesp程序计算（! B3lyp def2-TZVP），结果为-0.0036
方法2：CT.x程序。单体和二聚体都在（ opt freq B3LYP/6-31G* em=GD3BJ）优化，然后二聚体优化完后，再做计算（B3LYP/6-31G* em=GD3BJ IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm），结果为0.0011
方法3：因为是相同分子，所以直接采用能级劈裂算了一下,结果为0.0015（二聚体LUMO+1:-0.06320,LUMO：-0.06325）。
请问方法一和二的差距是由什么造成的呢？

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