计算化学公社

标题: 想讨论关于复合物体系模拟时配体都不会从蛋白里“跑掉”的问题？ [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-9-11 15:14
标题: 想讨论关于复合物体系模拟时配体都不会从蛋白里“跑掉”的问题？
各位老师，想讨论一下关于蛋白质生物大分子复合物体系（比如蛋白质和配体、蛋白质和肽，体系大概在400-500个氨基酸左右）做100ns模拟，进行去除轨迹周期化处理和对齐操作后，观察轨迹配体或者肽一直结合在蛋白质表面或者口袋中，没有很大的变化，这样是模拟的问题还是他本身的现象呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-11 15:23
说明能稳定结合（起码对于你模拟的时间尺度来说），再正常不过了

作者
Author: 樊樊樊 时间: 2025-9-11 15:26
本身现象，分子动力学模拟个人认为算是动态的考察配体受体结合后，双方动态变化的方法。但注意前提条件就是结合后，既然是结合以后，那肯定两者分离的概率就比较小吧。

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-9-11 15:55

sobereva 发表于 2025-9-11 15:23
说明能稳定结合（起码对于你模拟的时间尺度来说），再正常不过了

谢谢老师，那请问老师您觉得对于蛋白三聚体来说（使用-d 1.5,盒子类型是12面体），加了水以后整个体系是70多万原子，跑100ns后使用nojump处理轨迹并使用-pbc mol -center最后对齐轨迹并计算rmsd值，发现rmsd值第0帧就达到了11nm,而后保持一个比较平稳的趋势，某一帧突然发生了很大波动，观察构象发现其中一条链跳到了另一边。第一个异常点是没明白为什么0帧就是7nm，理论上来说不应该是0吗？第二个异常点是跳跃的那一下，看构象有点怀疑是从盒子的另一边过去了，但是对去除周期边界性做了处理，所以有些疑问，请老师指教。

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-9-11 15:57

樊樊樊发表于 2025-9-11 15:26
本身现象，分子动力学模拟个人认为算是动态的考察配体受体结合后，双方动态变化的方法。但注意前提条件就是 ...

谢谢老师，那请问老师您觉得如果自由放置配体，有限的时间尺度下我们可以观察到他进入口袋吗？您觉得参数设置上需要区别与结合后的模拟吗？因为我之前也做过测试，自由放置的配体可能有点难进入理想的口袋，想情请教一下您

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-11 16:38

YuniJ 发表于 2025-9-11 15:57
谢谢老师，那请问老师您觉得如果自由放置配体，有限的时间尺度下我们可以观察到他进入口袋吗？您觉得参数 ...

要看体系。口袋浅、配体简单的话自然容易；正常较复杂的体系通常要用增强采样。

作者
Author: 樊樊樊 时间: 2025-9-11 17:28

YuniJ 发表于 2025-9-11 15:57
谢谢老师，那请问老师您觉得如果自由放置配体，有限的时间尺度下我们可以观察到他进入口袋吗？您觉得参数 ...

从理论上来说可行，实际操作几乎不可能，除非增强采样（说实话这我都觉得不可行）或者模拟时长达到微秒，秒级别

作者
Author: kaiyuan 时间: 2025-9-11 17:54

YuniJ 发表于 2025-9-11 15:57
谢谢老师，那请问老师您觉得如果自由放置配体，有限的时间尺度下我们可以观察到他进入口袋吗？您觉得参数 ...

试试增强采样吧，合理设置CV应该是可行的，可以看一下plumed的教程以及http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=45476 (出处: 计算化学公社)[/url]

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-9-15 20:58

student0618 发表于 2025-9-11 16:38
要看体系。口袋浅、配体简单的话自然容易；正常较复杂的体系通常要用增强采样。

好咧，谢谢老师

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-9-15 20:58

kaiyuan 发表于 2025-9-11 17:54
试试增强采样吧，合理设置CV应该是可行的，可以看一下plumed的教程以及NAMD自由能计算教程—1、用eABF和m ...

谢谢老师！

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