计算化学公社

标题: cp2k.psmp版对CPU的占用比较奇怪，如何使用？ [打印本页]

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-12 00:56
标题: cp2k.psmp版对CPU的占用比较奇怪，如何使用？
在编译好cp2k 2025.2后，对一个156原子的周期性体系做振动分析，DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组，都是前周期元素，没有过渡金属，是一个MOF，在我的36核128GB机器上用popt显然爆显存了，ssmp则运行时每个核的占用了在50%~80%波动，不能很好的满载运行，于是打算用psmp，运行命令：mpirun -np 9 -x OMP_NUM_THREADS=4 cp2k.psmp output_210_freq.inp > output_210_freq.out
结果发现一些线程被调度到了同一颗CPU的超线程上去，这种情况应当怎样恰当设置？做内核绑定？还是说干脆关闭超线程？
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-9-12 07:25
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-9-12 07:28 编辑

可以考虑一下slurm+cgroup，绑核很方便。
mpirun应该也有内置的绑核功能。

作者
Author: abin 时间: 2025-9-12 08:58
楼上说的对, 使用调度器.
别手动瞎折腾了.

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-12 10:02
感谢，我学习一下slurm

作者
Author: 1138711019 时间: 2025-9-12 11:11
就是mpirun的问题，我自己测试过。
mpirun (Open MPI) 4.1.5 是没问题的，5.0以后就会出现这种问题，且运行效率大大降低。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)