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标题: MS2024中没有二价锰离子力场应该怎么办分子动力学模拟 [打印本页]

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Author: 勤劳的小蜜蜂 时间: 2025-9-12 11:32
标题: MS2024中没有二价锰离子力场应该怎么办分子动力学模拟
我想要对我的电池电解质溶液进行分子动力学模拟计算电解质为0.5M/L硫酸锰+0.5M/L硫酸钠+0.1M/L甘氨酸但是在MS2024版本中Forcite模块力场选择里面找不到二价锰离子的力场

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Author: sobereva 时间: 2025-9-13 01:50
推荐用免费、用户数是M$的N倍、强大得多，而且速度甩M$几条街的GROMACS干这个事。GROMACS里可以用Merz的离子力场，各种过渡金属离子都几乎定义全了

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Author: 勤劳的小蜜蜂 时间: 2025-9-13 09:14

sobereva 发表于 2025-9-13 01:50
推荐用免费、用户数是M$的N倍、强大得多，而且速度甩M$几条街的GROMACS干这个事。GROMACS里可以用Merz的离 ...

好的谢谢老师

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Author: 极乐 时间: 2025-10-1 16:43

sobereva 发表于 2025-9-13 01:50
推荐用免费、用户数是M$的N倍、强大得多，而且速度甩M$几条街的GROMACS干这个事。GROMACS里可以用Merz的离 ...

老师，我也是这种问题，用MS没有过渡金属的离子力场，我想问一下老师您说的这个Merz的离子力场去哪找呢

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Author: sobereva 时间: 2025-10-2 06:28

极乐发表于 2025-10-1 16:43
老师，我也是这种问题，用MS没有过渡金属的离子力场，我想问一下老师您说的这个Merz的离子力场去哪找呢

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片，直接去原文里拷参数，自己往GROMACS的[atomtypes]和ions.itp里补充
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-10-2 11:21

sobereva 发表于 2025-10-2 06:28
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片，直接去原文里拷参数，自 ...

社长，此处Merz的离子力场应该不是反应力场、仍然不能像量子化学那样描述过渡金属离子的配位键生成和断裂吧？但是水合过渡金属离子在水溶液里面必然发生第一配位层的配体水分子与溶剂水分子交换的过程，这种解离-配位不也算配位键改变的化学反应么？（我知道有些意见认为这种静电主导的相互作用不算配位键，但我觉得二者之间并无明显界限。）是否应理解为此类经典分子力场用键长键角二面角、LJ势、库伦作用能有限描述少数配体交换过程（对算RDF和MSD等目的精度还算够），实际能不能用还必须看配体性质（配位原子、净电荷、配位键是否为单重键、是否涉及pi-反馈等）具体分析？

这个问题是之前我这帖的问题的延续。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-2 11:54

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-10-2 11:21
社长，此处Merz的离子力场应该不是反应力场、仍然不能像量子化学那样描述过渡金属离子的配位键生成和断裂 ...

轨道相互作用对于研究的问题起到关键作用时，Merz离子力场光靠范德华、静电作用项无法合理描述。Merz离子力场结合其中适合的参数（专门为重现配位数搞的）虽然可以重现好与水的配位数，但是与比如N配位、与水的相互作用曲线、配位的立体结构特征，就没法认为准确或靠谱，也不适合拿来描述反应过程。

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