计算化学公社

标题: 求助：NCM811电极界面处小分子脱氢反应的计算问题 [打印本页]

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Author: Dreamer1 时间: 2025-9-12 21:31
标题: 求助：NCM811电极界面处小分子脱氢反应的计算问题
老师您好，最近参考一篇文献关于电池电极NCM-811晶面上有机小分子脱氢反应前后吉布斯自由能的计算，我自己的课题也想做相关的计算，有以下几个问题问题需要请教老师：（1）在计算能量前，是不是要分别搭建脱氢前（H还接在小分子上）和脱氢后（H转移到界面上）的两种模型，然后分别进行几何优化，再算能量？（2）如果（1）的陈述正确，那么文献中（如下图所示）一个图里面脱了1个氢，另一个图里面脱了2个氢，那么脱几个氢是人为确定的吗？（3）老师，这部分的计算我参考了“第四届北京科音CP2K第一性原理计算培训班”的资料中，在“过渡态搜索和反应路径的产生”这一节的案例“NEB实例5 Au（111)表面H2分子解离”去做几何优化，我感觉H2分子解离和上述的脱氢反应有点类似，是否合适呢？
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-13 01:44
1 是

2 如果已知机理就按机理计算。如果不知道就自己尝试计算，脱一个、两个...，且分步脱和协同脱的情况都考虑

3 可以参考那个例子

作者
Author: Dreamer1 时间: 2025-9-13 13:54

sobereva 发表于 2025-9-13 01:44
1 是

2 如果已知机理就按机理计算。如果不知道就自己尝试计算，脱一个、两个...，且分步脱和协同脱的情 ...

非常感谢卢老师的指导！我参加的CP2K第一性原理培训班，培训资料中的案例非常全非常多，且讲解得非常详细，很受用！

作者
Author: Dreamer1 时间: 2025-9-17 02:23

sobereva 发表于 2025-9-13 01:44
1 是

2 如果已知机理就按机理计算。如果不知道就自己尝试计算，脱一个、两个...，且分步脱和协同脱的情 ...

老师，我现在已经参考案例“NEB实例5 Au（111)表面H2分子解离”完成了几何优化，然后现在第二步需要分别计算体系的吉布斯自由能，这一步该如何去计算呢？是否需要结合Shermo程序去计算？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-17 03:08

Dreamer1 发表于 2025-9-17 02:23
老师，我现在已经参考案例“NEB实例5 Au（111)表面H2分子解离”完成了几何优化，然后现在第二步需要分别 ...

看培训里“热力学量与能量相关属性的计算”部分。结合Shermo计算

作者
Author: Dreamer1 时间: 2025-9-18 10:32

sobereva 发表于 2025-9-17 03:08
看培训里“热力学量与能量相关属性的计算”部分。结合Shermo计算

好的，老师，像这种大小的体系用cp2k跑几何优化，我这边在超算平台上跑，用多少核跑比较合适？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-18 23:37

Dreamer1 发表于 2025-9-18 10:32
好的，老师，像这种大小的体系用cp2k跑几何优化，我这边在超算平台上跑，用多少核跑比较合适？

至少30-40核，有更多核可以免费用的话可以再多给点

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Author: Dreamer1 时间: 2025-9-19 16:45

sobereva 发表于 2025-9-18 23:37
至少30-40核，有更多核可以免费用的话可以再多给点

好的老师，我用的64核做的，速率还行，如果再增加核数，比如到128，估计没必要那么多了吧，是不是会浪费资源了

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Author: sobereva 时间: 2025-9-20 02:43

Dreamer1 发表于 2025-9-19 16:45
好的老师，我用的64核做的，速率还行，如果再增加核数，比如到128，估计没必要那么多了吧，是不是会浪费 ...

你那种大小的体系，128核不会比64核速度有可查觉的提升

作者
Author: spinel 时间: 2025-11-25 18:27
同学，请问你这个例子中，NCM811结构在CP2K中可以正常收敛吗？这些元素的磁性你是如何设置的呢？

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