计算化学公社

标题: 相互作用分析方法怎么选择 [打印本页]

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-9-13 15:53
标题: 相互作用分析方法怎么选择
本帖最后由 XxxXOO 于 2025-9-17 11:29 编辑

分析Ag和CO还有COOH之间的相互作用，应该用哪种方法？IRI还是IGMH?
两个图片都是Ag-CO
蓝色的是IRI分析,粉色是IGMH分析
还有一个问题，ISOsurface这个的大小的影响是什么，应该怎么选择？

我重新上传了ELF的图像，两个都是0-0.8的范围，都是在Ag表面吸附CO,但是为什么两者差那么多，吸附能很类似呀

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-14 02:27
明显适合用IGMH并恰当定义片段，免得把Ag原子间的相互作用也展现出来了（虽然恰当定义IRI的格点数据范围，令其恰好不包含Ag slab部分倒也能避免）

根据图像效果选择合适的isovalue，有一定任意性，横向对比时必须统一，并且必须在图题中说明。IGMH原文和下文的综述里的大量例子用的isovalue都是对相应情况选择的合适的值，能够充分展现相互作用特征。并且把这些文章看了，搞清楚delta_g_inter函数是什么，自然就知道其isovalue的选择的意义何在
Angew. Chem.上发表了全面介绍各种共价和非共价相互作用可视化分析方法的综述
http://sobereva.com/746（http://bbs.keinsci.com/thread-54361-1-1.html）
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-9-15 14:00

sobereva 发表于 2025-9-14 02:27
明显适合用IGMH并恰当定义片段，免得把Ag原子间的相互作用也展现出来了（虽然恰当定义IRI的格点数据范围， ...

谢谢

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-9-15 15:20

sobereva 发表于 2025-9-14 02:27
明显适合用IGMH并恰当定义片段，免得把Ag原子间的相互作用也展现出来了（虽然恰当定义IRI的格点数据范围， ...

我isovalue的大小，和颜色表示的相互作用类型有联系吗？如果有联系我应该怎么判断？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-15 17:54

XxxXOO 发表于 2025-9-15 15:20
我isovalue的大小，和颜色表示的相互作用类型有联系吗？如果有联系我应该怎么判断？

没直接关系

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-9-15 18:34

sobereva 发表于 2025-9-15 17:54
没直接关系

好的，谢谢sob老师

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-9-16 09:17

sobereva 发表于 2025-9-15 17:54
没直接关系

那个蓝色区域是配位相互作用吗？我也做了ELF分析，在C原子和Ag周围都是红色的，这两个怎么联系到一起解释呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-16 22:33

XxxXOO 发表于 2025-9-16 09:17
那个蓝色区域是配位相互作用吗？我也做了ELF分析，在C原子和Ag周围都是红色的，这两个怎么联系到一起解 ...

“我也做了ELF分析，在C原子和Ag周围都是红色的” 完全语义不明，也没个图。ELF等值面的颜色本来就是自己在可视化程序里随便设的。ELF十分不适合用于这种情况的分析。

IGMH等值面显著为蓝色说明相应位置电子密度挺大，当前又不是显著离子键，只可能明显有共价作用特征，是什么本质，用下文方法分析
使用Multiwfn对周期性体系做键级分析和NAdO分析考察成键特征
http://sobereva.com/719（http://bbs.keinsci.com/thread-47176-1-1.html）
使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键
http://sobereva.com/535（http://bbs.keinsci.com/thread-16453-1-1.html）
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

认真把下文认真、完整看了，特别是里面把Wiberg键级分解成NAO轨道相互作用的部分、AIM拓扑分析部分，变形密度部分
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-9-17 11:30

sobereva 发表于 2025-9-16 22:33
“我也做了ELF分析，在C原子和Ag周围都是红色的” 完全语义不明，也没个图。ELF等值面的颜色本来就是自己 ...

我重新上传了ELF的图像，两个都是0-0.8的范围，都是在Ag表面吸附CO,但是为什么两者差那么多，吸附能很类似呀，这是什么原因呢？

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-9-17 11:34

sobereva 发表于 2025-9-16 22:33
“我也做了ELF分析，在C原子和Ag周围都是红色的” 完全语义不明，也没个图。ELF等值面的颜色本来就是自己 ...

我也做了mayer键级分析，Ag-C的键级是-0.7左右，负值是什么原因？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)