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标题: em过程GFC4分子其中一个键断裂 [打印本页]

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Author: niuwenjin 时间: 2025-9-15 19:21
标题: em过程GFC4分子其中一个键断裂
本帖最后由 niuwenjin 于 2025-9-15 19:31 编辑

我构建了一个化合物GFC4（带两个钠离子），然后想看它在溶液中的表面张力，通过Packmol构建了1个GFC4分子 2个Na 1000个水分子的模型，mix.pdb。
现在遇到的问题是em成功后，GFC4分子中 S-C键一直是断裂状态。
其中GFC4.itp是通过构象搜索（没带钠离子，电荷一直是-2）确定后用Sobtop 程序生成，Packmol 所需的pdb文件是Sobtop产生的gro文件通过Multiwfn转化而成。
现在遇到的问题是em成功后，GFC4分子中 S-C键一直是断裂状态。
我看了对应的bond选项，是有定义的。请问各位老师，怎么解决呀？

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Author: sobereva 时间: 2025-9-16 04:26
bond项里都没S14-C15项，不断键才怪
要给sobtop用mol2文件，并且确保gview里看到的成键关系正确后再保存成mol2文件。给sobtop pdb文件会根据键长猜，可能猜错

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Author: niuwenjin 时间: 2025-9-16 09:38

sobereva 发表于 2025-9-16 04:26
bond项里都没S14-C15项，不断键才怪
要给sobtop用mol2文件，并且确保gview里看到的成键关系正确后再保存成 ...

谢谢老师，我去修改下

作者
Author: niuwenjin 时间: 2025-9-16 10:12

sobereva 发表于 2025-9-16 04:26
bond项里都没S14-C15项，不断键才怪
要给sobtop用mol2文件，并且确保gview里看到的成键关系正确后再保存成 ...

社长，我发现经过构象搜索后产生的文件生成的cluster.xyz在VMD中是S14-C15是成键的，但导出mol2格式放在gview后是不成键的
我通过 gview File - Preferences，修改成键规则，使其成键，这样是否合理呀

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Author: sobereva 时间: 2025-9-16 21:07

niuwenjin 发表于 2025-9-16 10:12
社长，我发现经过构象搜索后产生的文件生成的cluster.xyz在VMD中是S14-C15是成键的，但导出mol2格式放在g ...

极少数目没判断对成键的情况，直接用bond工具连上就完了，没必要为此改全局的判据

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