计算化学公社

标题: 【Qbics-MolStar教程1】软件安装与可视化 [打印本页]

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-9-16 09:19
标题: 【Qbics-MolStar教程1】软件安装与可视化
大家好，我在这里想推广一下我们开发的分子可视化与建模软件Qbics-MolStar，欢迎大家安装使用！

Qbics-MolStar基于开源程序Mol*开发，但是我们在上面做了海量的二次开发工作，包括几乎1：1复刻了GView的分子建模功能，并提供了Multiwfn接口和人工智能模块等大大方便了用户使用，使它几乎支持所有的化学对象可视化（分子、轨迹、波函数甚至正在开发的粗粒化模型）。作者作为长期一线的计算化学研究人员，在开发过程中提供的功能兼容计算化学以往的大部分经验（如VMD选择语法、Pymol选择语法、GaussView建模界面等、Multiwfn选项等），从而大大降低学习门槛。

程序提供网页版和Windows桌面版，前者用浏览器打开即用（手机都可以），后者绿色安装，可以在线升级。软件在不断开发中，欢迎大家提出宝贵意见。我们将根据用户的建议随时改进！

立即使用：http://molstar.szbl.ac.cn/viewer/

部分效果请参见：Qbics-MolStar Gallery — ZHANG Jun's Website documentation

Qbics-MolStar教程（不断更新中）：Qbics-MolStar教程 — Qbics-MolStar 1.0 documentation

也请大家关注下我们开发的量子化学程序Qbics: http://zhjun-sci.com/qbics

1.1. 访问与安装

使用Qbics-MolStar有两种方式：

• 直接在线访问链接：https://molstar.szbl.ac.cn/viewer

• 安装安装包：

  • 点击链接进入Qbics-MolStar网站界面：https://molstar.szbl.ac.cn/download/

  • 点击如图所示位置执行下载：

    
    
  
  

1.2. 分子可视化：本地文件

当前支持文件格式包括：.top，.cif，.gjf，.inp，.mol，.xyz，.pdb，.mwfn，.mol2等等，具体介绍详见https://molstar.szbl.ac.cn/docs/use/。

用户可以通过两种方式实现已知分子坐标的可视化（以.pdb为例）：

• 直接拖拽文件至Qbics-MolStar界面，即可实现可视化：

  
  

• 选择保存在本地的文件：

  • 点击下方红框按钮，选择希望可视化的文件。

    
    
  

  • 双击选中的文件（此处为c60.pdb）使其加载至Qbics-MolStar：

    
    
  

  • 点击 Apply，使Qbics-MolStar开始渲染体系，实现可视化：

    
    
  

  • 效果如下：

    
    
  
  

1.3. 分子可视化：在线下载PDB

Qbics-MolStar可以从多种途径下载分子坐标并渲染可视化。以下以PDB为例。

• 在Qbics-MolStar中键入PDB Id，如 6AP4：

  
  

• 点击 Apply，要求Qbics-MolStar实现可视化：

  
  

• 效果如下：

  
  

1.4. 分子可视化：SMILES代码

Qbics-MolStar还可以根据SMILES, PubChem等导入数据。我们选择SMILES代码作为另一可视化示例。

• 修改Source为SMILES而非默认PDB：

  
  

• 作为本次尝试的SMILES示例，键入要求填写SMILES的位置： [H]C(=O)N1C(CNC2=CC=C(C=C2)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)CNC2=C1C(=O)NC(N)=N2:

  
  

• 点击 Apply，要求Qbics-MolStar实现可视化：

  
  

• 效果如下：

  
  

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作者
Author: ggdh    时间: 2025-9-16 15:46
快点搞个api！支持用户编写插件！

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-9-17 13:27

ggdh 发表于 2025-9-16 15:46
快点搞个api！支持用户编写插件！

这个正在搞

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作者
Author: slxc920113    时间: 2025-9-17 14:09
试用了一下，现在手动建模的时候，片段拼接的二面角还是不太合理，没有像GaussView那样默认是一个位阻较小的二面角。另外没办法通过一个原子选择整个片段，这个功能还是非常实用。还有就是没有找到怎么导出计算输入文件，比如说Gaussian或者ORCA的输入。

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-9-18 08:51

slxc920113 发表于 2025-9-17 14:09
试用了一下，现在手动建模的时候，片段拼接的二面角还是不太合理，没有像GaussView那样默认是一个位阻较小 ...

我们会记下相关的建议，谢谢！

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作者
Author: hdhxx123    时间: 2025-9-18 12:23
这是真的优秀啊！建议吸取VMD的色彩光照材质和脚本自由度的优点，再把内置个xtb的扫把软件希望开发越来越好！

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-9-19 09:36

hdhxx123 发表于 2025-9-18 12:23
这是真的优秀啊！建议吸取VMD的色彩光照材质和脚本自由度的优点，再把内置个xtb的扫把软件希望开发越 ...

谢谢建议，其实软件后端已经放置了好几个经典计算化学软件，不过这些功能尚在内部调试，很快就会和大家见面

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作者
Author: exity    时间: 2025-9-19 09:57
配色这块应该像pymol看齐而不是VMD，嘿嘿嘿~

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作者
Author: greatzdk    时间: 2025-9-19 10:16
问个问题。我是网页点开直接用的。
画好了 用O替代C 就出现如图的问题了。是我哪里用的不对嘛？

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-9-19 14:21

greatzdk 发表于 2025-9-19 10:16
问个问题。我是网页点开直接用的。
画好了 用O替代C 就出现如图的问题了。是我哪里用的不对嘛？

你再实验一下？我这里没有发现问题

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作者
Author: mcard    时间: 2025-9-23 20:39
之前研究过mol*，虽然他是模块化的，但感觉文档不是很全，改起来少不了源码来回翻。我记得他源码里面实现了VMD、pymol的选择语法解析，但是在前端界面没有暴露出使用功能的对应窗口。
在浏览器使用的时候如果加载大轨迹会因为浏览器页面内存限制崩溃，不知道宁这一版优化了没有？如果能编译一个mac版的或Linux版本自然是极好。谢谢。

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作者
Author: greatzdk    时间: 2025-9-24 12:55

coolrainbow 发表于 2025-9-19 14:21
你再实验一下？我这里没有发现问题

我试了试 别的画法 好像问题不大。但是 又发现了新的问题，我觉得总归是哪里不太对 你看看

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-9-24 12:56

mcard 发表于 2025-9-23 20:39
之前研究过mol*，虽然他是模块化的，但感觉文档不是很全，改起来少不了源码来回翻。我记得他源码里面实现了 ...

现在可以直接从state tree下右键修改representation，在选择里面用vmd等修改

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作者
Author: greatzdk    时间: 2025-9-24 12:56

greatzdk 发表于 2025-9-24 12:55
我试了试 别的画法 好像问题不大。但是 又发现了新的问题，我觉得总归是哪里不太对 你看看

这个 1的图是第一步 2的图是第二步

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作者
Author: 迎迎    时间: 2025-9-24 21:37
今天才下载，发现下载之后第一次点开提示有更新，点了确定，然后有一个进度条，很快就更新完成，点了完成更新。但没有出操作界面，而是继续弹窗更新提示。反复五六次之后我把更新提示右上角叉掉，才出现弹窗。想问问这个是我的操作问题还是软件本身的bug呀

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-9-25 09:10

迎迎 发表于 2025-9-24 21:37
今天才下载，发现下载之后第一次点开提示有更新，点了确定，然后有一个进度条，很快就更新完成，点了完成更 ...

这个是之前的一个bug，已经修复了。可以直接下载最新版安装，或者之前的重启一次就可以了

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作者
Author: influenza    时间: 2025-9-25 10:45
请问能打开高斯运行任务的输出文件吗？ xxx.log 我这里打开就软件卡住只能关掉。

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作者
Author: Assiduitas    时间: 2025-9-30 11:19
大佬，如果用你们这软件作图。怎么引用你们的成果呢？有已发表的论文吗？.
有个疑惑：参考sob老师的帖子进行波函数分析，比如ELF函数这种，multiwfn可以显示极值点，该可视化软件能不能进行类似的展示。以及IRI这种可视化显示？
这个能修改单个原子的颜色吗？

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作者
Author: Assiduitas    时间: 2025-9-30 11:26

Assiduitas 发表于 2025-9-30 11:19
大佬，如果用你们这软件作图。怎么引用你们的成果呢？有已发表的论文吗？.
有个疑惑：参考sob老师的帖子进 ...

找到修改原子原色的模块了，楼主厉害！

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作者
Author: watfros    时间: 2025-10-9 14:19
能支持orca的输出文件吗

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作者
Author: Huschein    时间: 2025-10-15 09:38
请问是否有第一作者和通讯作者的联系方式呢？我在想是否可以私下交流一下？

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-10-15 10:36

Assiduitas 发表于 2025-9-30 11:19
大佬，如果用你们这软件作图。怎么引用你们的成果呢？有已发表的论文吗？.
有个疑惑：参考sob老师的帖子进 ...

现在就引用：

Qbics-MolStar, Rongfa Bai, Yunfei Li, Jun Zhang.

就行。正式文章出来后再说。

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-10-15 10:37

Huschein 发表于 2025-10-15 09:38
请问是否有第一作者和通讯作者的联系方式呢？我在想是否可以私下交流一下？

zhangjun@szbl.ac.cn

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-10-15 10:37

Assiduitas 发表于 2025-9-30 11:19
大佬，如果用你们这软件作图。怎么引用你们的成果呢？有已发表的论文吗？.
有个疑惑：参考sob老师的帖子进 ...

已经放到任务列表了

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作者
Author: coolrainbow    时间: 2025-10-15 10:38

influenza 发表于 2025-9-25 10:45
请问能打开高斯运行任务的输出文件吗？ xxx.log 我这里打开就软件卡住只能关掉。

ORCA和Gaussian等输出文件的识别以后会加上去

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作者
Author: lanthanum    时间: 2025-10-21 09:08
https://blog.csdn.net/m0_37816922/article/details/139454812
和这个有点像啊？

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