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标题: Windows-GROMACS进程卡死问题 [打印本页]

作者
Author: vicc 时间: 2025-9-16 11:14
标题: Windows-GROMACS进程卡死问题
本帖最后由 vicc 于 2025-9-16 14:13 编辑

各位老师同行大家好，请教一下论坛中使用50系显卡跑GROMACS的朋友们有没有遇到过NVT/NPT/MD进程中卡死的情况，表现为脚本运行界面没有报错，但是steps和工作日志等都不更新（如图），CPU/GPU不占用。
相同的脚本在我之前的windows主机（I9-14900K+RTX4080，CUDA版本12.2）上从来没有发生，但是在目前的主机（U7-265K+RTX5080，CUDA试过了12.8和13.0版本）频繁遇到这种情况。目前已经初步排除了GROMACS版本的问题，测试了2025.3和一个2023的版本的GROMACS，在新主机上都会出现卡死问题，但旧主机都不会有这个问题。
在论坛中查看了相关的帖子发现也有使用CUDA12.8版本和50系显卡的，并没有遇到我这样的问题，不知道还能是什么原因

作者
Author: 樊樊樊 时间: 2025-9-16 11:35
log文件比较重要，里面咋说的

作者
Author: vicc 时间: 2025-9-16 14:10

樊樊樊发表于 2025-9-16 11:35
log文件比较重要，里面咋说的

我初步看了一下自以为没有什么问题，这里截取了md.log的最后几步，还请老师您帮忙看看：
         Step          Time
      4425000    8850.00000

Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Proper Dih. Ryckaert-Bell.       LJ-14
1.12371e+04 3.14996e+04 1.77210e+03 1.50979e+04 2.00412e+04
   Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR) Coul. recip.
9.78565e+04 8.92762e+05 -3.62098e+04 -6.28024e+06 2.29810e+04
   Potential Kinetic En. Total Energy  Conserved En. Temperature
-5.22320e+06 9.59362e+05 -4.26384e+06 -4.19670e+06 3.00102e+02
Pres. DC (bar) Pressure (bar) Constr. rmsd
-1.58230e+02 4.77885e+01 2.67507e-06

         Step          Time
      4450000    8900.00000

Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Proper Dih. Ryckaert-Bell.       LJ-14
1.12532e+04 3.12456e+04 1.76711e+03 1.52966e+04 2.00799e+04
   Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR) Coul. recip.
9.72429e+04 8.92259e+05 -3.62253e+04 -6.27581e+06 2.31236e+04
   Potential Kinetic En. Total Energy  Conserved En. Temperature
-5.21976e+06 9.61992e+05 -4.25777e+06 -4.19652e+06 3.00924e+02
Pres. DC (bar) Pressure (bar) Constr. rmsd
-1.58366e+02 9.42916e+01 2.65711e-06

         Step          Time
      4475000    8950.00000

Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Proper Dih. Ryckaert-Bell.       LJ-14
1.12253e+04 3.13586e+04 1.84384e+03 1.51331e+04 1.99522e+04
   Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR) Coul. recip.
9.75176e+04 8.88168e+05 -3.61906e+04 -6.27227e+06 2.30011e+04
   Potential Kinetic En. Total Energy  Conserved En. Temperature
-5.22026e+06 9.59908e+05 -4.26035e+06 -4.19639e+06 3.00272e+02
Pres. DC (bar) Pressure (bar) Constr. rmsd
-1.58063e+02 -2.97464e+01 2.71178e-06

Writing checkpoint, step 4495400 at Tue Sep 16 14:00:40 2025

         Step          Time
      4500000    9000.00000

Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Proper Dih. Ryckaert-Bell.       LJ-14
1.15389e+04 3.11239e+04 1.87792e+03 1.52831e+04 1.99894e+04
   Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR) Coul. recip.
9.76807e+04 8.89558e+05 -3.62356e+04 -6.27746e+06 2.34165e+04
   Potential Kinetic En. Total Energy  Conserved En. Temperature
-5.22323e+06 9.57594e+05 -4.26564e+06 -4.19615e+06 2.99549e+02
Pres. DC (bar) Pressure (bar) Constr. rmsd
-1.58455e+02 4.06880e+00 2.65472e-06

         Step          Time
      4525000    9050.00000

Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Proper Dih. Ryckaert-Bell.       LJ-14
1.12722e+04 3.10697e+04 1.79316e+03 1.53128e+04 2.01499e+04
   Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR) Coul. recip.
9.78049e+04 8.93356e+05 -3.61676e+04 -6.28424e+06 2.28592e+04
   Potential Kinetic En. Total Energy  Conserved En. Temperature
-5.22679e+06 9.57782e+05 -4.26900e+06 -4.19599e+06 2.99608e+02
Pres. DC (bar) Pressure (bar) Constr. rmsd
-1.57862e+02 2.55574e+01 2.72078e-06

         Step          Time
      4550000    9100.00000

Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Proper Dih. Ryckaert-Bell.       LJ-14
1.14517e+04 3.15287e+04 1.78872e+03 1.50767e+04 1.99821e+04
   Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR) Coul. recip.
9.79229e+04 8.88345e+05 -3.61465e+04 -6.26953e+06 2.32862e+04
   Potential Kinetic En. Total Energy  Conserved En. Temperature
-5.21630e+06 9.61274e+05 -4.25502e+06 -4.19587e+06 3.00700e+02
Pres. DC (bar) Pressure (bar) Constr. rmsd
-1.57679e+02 1.41943e+01 2.69349e-06

作者
Author: 13277552957 时间: 2025-9-16 19:50
一般是体系的问题，换个简单的体系，比如只有蛋白的体系，是否也报错。跑一会儿直接退出，我遇到过，一般是小分子初始构象没有优化好导致。

作者
Author: 樊樊樊 时间: 2025-9-17 09:35

vicc 发表于 2025-9-16 14:10
我初步看了一下自以为没有什么问题，这里截取了md.log的最后几步，还请老师您帮忙看看：
Ste ...

看起来确实没什么问题，我也没办法找出原因。

作者
Author: 职松松 时间: 2025-10-19 09:11
我也遇到了一样的问题，显卡RTX 5060， gromacs是2025

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-10-19 22:57
这种情况极大概率是模拟崩溃了，仔细观看轨迹。

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