计算化学公社

标题: 这样的分子图是用什么软件绘制出来的 [打印本页]

作者
Author: 978142355 时间: 2017-4-13 15:46
标题: 这样的分子图是用什么软件绘制出来的
如图所示，请问这样的图用什么软件绘制？谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-13 18:41
chemcraft、VMD

作者
Author: 978142355 时间: 2017-4-13 19:39
本帖最后由 978142355 于 2017-4-13 19:40 编辑

sobereva 发表于 2017-4-13 18:41
chemcraft、VMD

谢谢sob老师，chemcraft我没有找到和图片中相类似的，不知道sob老师说的是哪里。VMD中的CPK，材质类型是diffuse和图中很像，做出的图如下。请问老师，化学键如何弄成一个颜色的？而且感觉原图中与H相连的键比较细，而与其它原子相连的键比较粗，这个VMD可以做到吗？

作者
Author: guofengxiao 时间: 2017-4-13 21:04

978142355 发表于 2017-4-13 19:39
谢谢sob老师，chemcraft我没有找到和图片中相类似的，不知道sob老师说的是哪里。VMD中的CPK，材质类型是d ...

对于键的颜色的统一，我可以帮到你。在主界面点graphics-representations，在弹出的界面中，点create rep，在新生成的style中，drawing method选择bonds，coloring method选colorID，任选一种颜色，新生成的同样颜色的化学键即可覆盖原来的不同颜色的化学键。
对于调整键的粗细，就稍微复杂点。比如你要调细和H相连的所有键，同样在graphics-representations，弹出的界面中，点create rep，drawing method选择bonds，selected atoms不填all，而改填name X H，这里X指的是和H相成键的某种元素（比如N）。然后调整bond radius至你想要的粗细。N-H键粗细调好后，点create rep复制这个，把name X H中的N换成C之类的，以此类推，多囊括几次，这样每种键的粗细都调好了。说了那么多，不知道你能不能听懂。

作者
Author: niobium 时间: 2017-4-13 22:27
molden

作者
Author: 978142355 时间: 2017-4-13 22:35

guofengxiao 发表于 2017-4-13 21:04
对于键的颜色的统一，我可以帮到你。在主界面点graphics-representations，在弹出的界面中，点create rep ...

明白明白，谢谢你说的这么细致。

作者
Author: 978142355 时间: 2017-4-13 22:45

niobium 发表于 2017-4-13 22:27
molden

这个软件如何画啊？听说过，但是从来用过。求赐教。

作者
Author: niobium 时间: 2017-4-13 23:14

978142355 发表于 2017-4-13 22:45
这个软件如何画啊？听说过，但是从来用过。求赐教。

直接打开标准的xyz文件，可编辑性不高

作者
Author: 978142355 时间: 2017-4-14 08:13

niobium 发表于 2017-4-13 23:14
直接打开标准的xyz文件，可编辑性不高

哦，这样啊，明白了，谢谢您

作者
Author: guofengxiao 时间: 2017-4-14 08:20

978142355 发表于 2017-4-13 22:35
明白明白，谢谢你说的这么细致。

不客气，祝好

作者
Author: 978142355 时间: 2017-4-14 09:22

guofengxiao 发表于 2017-4-14 08:20
不客气，祝好

谢谢，thk u very much.

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-11-7 20:48
definitely PyMol

作者
Author: 978142355 时间: 2017-11-8 10:44

liyuanhe211 发表于 2017-11-7 20:48
definitely PyMol

，谢谢李老师。

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