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标题: cp2跑aimd分子跑散 [打印本页]

作者
Author: GHR1111 时间: 2025-9-17 09:47
标题: cp2跑aimd分子跑散
输入文件和轨迹文件如附件所示，根据轨迹来看感觉分子越跑越分散，跑出盒子外了，请问这是否正常，如果不正常应该如何调整

作者
Author: xiaowei2022 时间: 2025-9-17 10:36
正常，因为AIMD是算周期性结构，不过在跑AIMD之前最好先opt优化一下，以避免结构搭建不合理导致分子间过大的力

作者
Author: GHR1111 时间: 2025-9-17 16:04

xiaowei2022 发表于 2025-9-17 10:36
正常，因为AIMD是算周期性结构，不过在跑AIMD之前最好先opt优化一下，以避免结构搭建不合理导致分子间过大 ...

那还想请问下如果我直接在nvt下跑3ps的预平衡，是否跟opt结构优化是一样的效果呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-18 02:19

GHR1111 发表于 2025-9-17 16:04
那还想请问下如果我直接在nvt下跑3ps的预平衡，是否跟opt结构优化是一样的效果呢

完全是两码事。动力学又不可能给你跑到精确的极小点结构上去（除非是0K下做）
倘若初始结构里斥力过大，预平衡的一开始就已经崩了

作者
Author: 运气加持 时间: 2025-9-26 13:39

sobereva 发表于 2025-9-18 02:19
完全是两码事。动力学又不可能给你跑到精确的极小点结构上去（除非是0K下做）
倘若初始结构里斥力过大， ...

请问一下卢老师，动力学是根据什么来得到下一步的原子结构位置的，和opt的区别在哪里呢？主要是增加考虑了热运动这一部分吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-27 01:24

运气加持发表于 2025-9-26 13:39
请问一下卢老师，动力学是根据什么来得到下一步的原子结构位置的，和opt的区别在哪里呢？主要是增加考虑 ...

经典动力学基于牛顿运动方程。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片，都是高中物理知识
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

实际MD程序用的更具体的公式
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

还有大量MD涉及的模拟技术，培训里都非常完整讲了，感兴趣可以学学。

并且建议看下文
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

作者
Author: 运气加持 时间: 2025-9-28 10:43

sobereva 发表于 2025-9-27 01:24
经典动力学基于牛顿运动方程。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这 ...

谢谢卢老师解答

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