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标题: 求助一下载体分子+药物分子MD失败的原因 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2025-9-17 10:24
标题: 求助一下载体分子+药物分子MD失败的原因
载体分子10个（原子数目743），药物分子（小分子）4个，模拟盒12*12*12，使用10000步steep能量最小化，NVT平衡+NPT生产模拟，以下是我的mdp文件，大家可以看一下有什么问题吗
em_sd:

define = -DFLEXIBLE
integrator = cg
nsteps = 10000
emtol = 100.0
emstep = 0.01
;
nstxout = 100
nstlog = 50
nstenergy = 50
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.0
vdwtype = Cut-off
rvdw = 1.0
DispCorr = EnerPres
constraints = none

NVT：
integrator = md ; 蛙跳式分子动力学
dt = 0.002 ; 积分步长2 fs
nsteps = 50000 ; 总步数（100 ps）
nstlog = 1000 ; 每2 ps输出日志
nstenergy = 1000 ; 每2 ps保存能量
nstxout-compressed = 5000 ; 每10 ps保存轨迹
comm-mode= Linear;
comm-grps= System;消除平动
nstcomm= 1; 每一步都消除平动

; 体系控制
cutoff-scheme = Verlet ; Verlet截断方案
verlet-buffer-tolerance = 0.005 ; 缓冲层容差（kJ/mol/ps）
pbc=xyz

; 温度控制
tcoupl = v-rescale ; V-rescale温度耦合
tc-grps = System ; 控制整个体系温度
tau_t = 0.1 ; 温度弛豫时间0.1 ps
ref_t = 298.15 ; 目标温度300 K
gen_vel=yes;产生初始速度

; 压力控制（NVT阶段关闭）
pcoupl = no ; 恒容模拟，不控制压力

; 非键相互作用
coulombtype = PME ; PME处理长程静电
rcoulomb = 1.0 ; 静电截断10 Å（1 nm）
vdwtype = Cut-off ; 范德华截断
rvdw = 1.0 ; 范德华截断10 Å
nstlist = 10 ; 每10步更新非键列表

; 约束算法
constraints = h-bonds ; 约束所有氢键
constraint-algorithm = lincs ; LINCS算法
lincs-order = 6 ; LINCS插值阶数
lincs-iter = 4 ; LINCS迭代次数

; 能量监控
energygrps = System ; 监控体系总能量

NPT：
integrator = md ; 使用分子动力学积分器
dt = 0.002 ; 时间步长 2 fs
nsteps = 40000000 ; 总步数 = 100 ns (100000000 x 2 fs)
nstxout = 0 ; 不输出坐标
nstvout = 0 ; 不输出速度
nstenergy = 5000 ; 每 10 ps 输出能量
nstlog = 5000 ; 每 10 ps 记录日志
nstxout-compressed = 5000 ; 每 10 ps 保存轨迹（压缩格式）

; OUTPUT CONTROL
continuation = yes ; 从上一次平衡继续
constraint_algorithm = lincs ; 使用 LINCS 约束算法
constraints = h-bonds ;
lincs_iter = 1 ; LINCS 迭代次数
lincs_order = 4 ; LINCS 约束阶数

; NEIGHBOR SEARCHING
cutoff-scheme = Verlet ; Verlet 切割方案
ns_type = grid ; 使用网格搜索
rlist = 1.0 ; 邻近搜索半径 1.0 nm
rcoulomb = 1.0 ; 库仑相互作用半径 1.0 nm
rvdw = 1.0 ; Lennard-Jones 半径 1.0 nm

; TEMPERATURE COUPLING
tcoupl = v-rescale ; 使用 v-rescale 恒温器
tc-grps = System ; 温控作用在整个系统
tau_t = 1.0 ; 温控松弛时间 1.0 ps
ref_t = 298.15 ; 目标温度 300 K

; PRESSURE COUPLING
pcoupl = Parrinello-Rahman ; 压控方式
pcoupltype = isotropic ; 各向同性压控
tau_p = 2.0 ; 压控松弛时间 2.0 ps
ref_p = 1.0 ; 目标压强 1 bar
compressibility = 4.5e-5 ; 压缩系数（默认水）
refcoord_scaling = com ; 压控时缩放坐标

; PERIODIC BOUNDARY CONDITIONS
pbc = xyz ; 周期性边界条件

; DISPERSION CORRECTION
DispCorr = EnerPres ; 长程色散校正

; VELOCITY GENERATION
gen_vel = no ; 不重新生成速度

最终跑出来是非常分散的
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作者
Author: student0618 时间: 2025-9-17 11:03
Use NPT equilibration first with Berendsen or c-rescale barostat to relax box size and density.

For long polymer like this you maybe need higher pressure to compress the box to desired density first before using the target density.

It may also be useful to use simulated annealing to relax initial configurations.

Btw, just wondering, is there any water or other solvent in this system?

作者
Author: milk_q 时间: 2025-9-17 15:00

student0618 发表于 2025-9-17 11:03
Use NPT equilibration first with Berendsen or c-rescale barostat to relax box size and density.

F ...

only water

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