计算化学公社

标题: xtb优化后isotat优化不合理 [打印本页]

作者
Author: CQQ@ 时间: 2025-9-17 16:09
标题: xtb优化后isotat优化不合理
我对基于Y6的二聚体进行构象搜索，在服务器使用crest调用xtb来优化，分别在GFN0-xTB级别、GFN2-xTB级别，在GFN2-xTB级别进行完之后用isostat进行优化去重排序，有一些不应该连在一起的两个原子有了键，这个是为什么？在GFN2-xTB级别得到的分子还是正常的，就是用isostat进行优化去重排序之后，就形成了一些不应该有的键。就是Y6分子的CN键和另外一个Y6的CN键连在一起了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-18 02:44
仔细看下文，搞清楚VMD怎么判断的成键关系便知。是对于xyz第一帧判断的
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: CQQ@ 时间: 2025-9-18 16:34
好的谢谢

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