标题: 分子动力学模拟Au纳米颗粒吸附抗体，提示非键作用大于列表列表限制 [打印本页] 作者Author: lixiang123 时间: 2025-9-18 00:09 标题: 分子动力学模拟Au纳米颗粒吸附抗体，提示非键作用大于列表列表限制 各位老师好，最近学习完课程的一半后想自己动手算一个模拟，算Au纳米颗粒吸附抗体。我的思路是先用VMD构建一个Au盒子，然后把盒子上下扩展一点，往多余空间里塞上薄薄的一层抗坏血酸分子，模拟Au表面的配体（因为Au合成的时候是用抗坏血酸还原的，所以表面会带抗坏血酸），然后计算再扩展一部分，塞上水，加离子平衡电荷，然后能量极小化，平衡相，产生相模拟让它平衡。平衡后后在水里加蛋白，再做一遍这些模拟，我这个思路对吗，特别是直接在Au表面加一层配体。然后用VMD构建Au盒子的时候出现了个问题。现在用VMD构建了一个Au面，但是保存为pdb之后再用VMD打开Au面就不在盒子里了。后来我用的CHARMM-GUI构建的Au面，Gauss画的抗坏血酸的离子（脱去一个质子），计算了RESP2电荷，sobtop产生的itp（Cit.itp,原子类型放到ffnonbonded中了。)和top文件，将Au的top文件和它整合到一起。 (, 下载次数 Times of downloads: 0)
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然后体系构建完了，在能量极小化的时候提示WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 1216 and 1221at distance 2.437 which is larger than the table limit 2.050 nm.
This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.
后来我重新画抗坏血酸分子式，扩大盒子都没法解决，是不是需要直接把这个分子删掉。VMD上显示这两个原子是同一个分子上的。 (, 下载次数 Times of downloads: 0)
