计算化学公社

标题: 求助MOF截断后用氢饱和的规则 [打印本页]

作者
Author: 1773525076 时间: 2025-9-18 08:02
标题: 求助MOF截断后用氢饱和的规则
最近接触到MOF的计算发现一个不太理解的地方就是截断后对截断部分进行氢饱和这个可以理解但为什么还要对内部的原子也进行氢饱和比如明明是苯环也要加上六个氢甚至是金属中心也要加氢这个加氢的原则是什么样啊？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-9-18 10:15
发这种教程视频截图应该带上原始链接出处。

截取团簇所断的键补加氢的操作，适合用于原来断的键是共价单键、处理前后原子化学环境变化较小的情况，所以比如M-H这种金属与氢成键的结构就不适合出现。

注意补氢未必只在截取团簇的操作之后才做，即使是完整的X射线衍射解析所得晶体也需要自行处理氢原子，原因在http://sobereva.com/569说了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-9-18 10:22
这个和你结构的来源关系很大。
如果是没有做过程序加氢的cif文件，那么需要手动加氢，但原因和是否截断无关，仅仅是因为XRD一般解不出氢原子。
金属是否加氢取决于你研究的是不是金属氢配合物，如果不是的话当然不加。大部分MOF，尤其是能在空气中稳定存在的MOF，都不含金属氢键

作者
Author: 1773525076 时间: 2025-9-18 10:53

wzkchem5 发表于 2025-9-18 10:22
这个和你结构的来源关系很大。
如果是没有做过程序加氢的cif文件，那么需要手动加氢，但原因和是否截断无 ...

那老师我有个疑问就是有些CIF文件结构明明是确定的就比如他本来就是苯环为什么还要强行给苯环加上氢这样他的结构不就变了吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-9-18 10:54

1773525076 发表于 2025-9-18 10:53
那老师我有个疑问就是有些CIF文件结构明明是确定的就比如他本来就是苯环为什么还要强行给苯环加 ...

如果cif文件里已经加好了氢，那么肯定不需要再加氢了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)