计算化学公社

标题: 【Qbics-MolStar教程2】观看轨迹与一键导出动画 [打印本页]

作者
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coolrainbow    时间: 2025-9-18 09:05
标题: 【Qbics-MolStar教程2】观看轨迹与一键导出动画
本帖最后由 coolrainbow 于 2025-9-18 09:07 编辑

大家好,我在这里想推广一下我们开发的分子可视化与建模软件Qbics-MolStar,欢迎大家安装使用!

Qbics-MolStar基于开源程序Mol*开发,但是我们在上面做了海量的二次开发工作,使它几乎支持所有的化学对象可视化(分子、轨迹、波函数甚至正在开发的粗粒化模型)。作者作为长期一线的计算化学研究人员,在开发过程中提供的功能兼容计算化学以往的大部分经验(如VMD选择语法、Pymol选择语法、GaussView建模界面等、Multiwfn选项等),从而大大降低学习门槛。

程序提供网页版和Windows桌面版,前者用浏览器打开即用(手机都可以),后者绿色安装,可以在线升级。软件在不断开发中,欢迎大家提出宝贵意见。我们将根据用户的建议随时改进!

立即使用:http://molstar.szbl.ac.cn/viewer/

部分效果请参见:Qbics-MolStar Gallery — ZHANG Jun's Website documentation

Qbics-MolStar教程(不断更新中):Qbics-MolStar教程 — Qbics-MolStar 1.0 documentation

也请大家关注下我们开发的量子化学程序Qbics:  http://zhjun-sci.com/qbics



今天给大家介绍一下Qbics-MolStar的观看轨迹的功能,用Qbics-MolStar可以观看几乎所有主流格式的轨迹(文本格式、二进制格式等),并且可以一键导出高质量动画(MP4,GIF等),再也不用手动组合多个软件才能实现。这部分功能,除了Qbics-MolStar外,后台调用了优秀的开源软件FFmpeg。

1. 以XYZ轨迹文件为例查看轨迹并导出动画

本例中使用的文件可以在这里下载:Files.










2.2. 以GRO + XTC文件为例查看轨迹并导出动画

本例中使用的文件可以在这里下载:Files.

XYZ格式中的轨迹既有坐标也有拓扑信息,但是很多分子动力学使用一些二进制格式的轨迹文件,如XTC(GROMACS 压缩格式),它们中并不包含拓扑信息。在 Qbics-MolStar 中,您可以组合任意包含拓扑信息和坐标信息的文件来读轨迹。这里以GRO+XTC来掩饰。






2.3. 以蛋白质为例导出旋转动画














作者
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MercuryLamp    时间: 2025-10-16 19:17
老师,请问一下是不是轨迹文件太大就无法处理了?我试着加载一个2GB左右的xtc轨迹文件(10000帧),发现失败了。但用您帖子里给的示例文件是可以正常加载的。




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