计算化学公社

标题: 求助：如何将lammps的data文件转化为.psf和prm文件 [打印本页]

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Author: 高章磊 时间: 2025-9-18 15:14
标题: 求助：如何将lammps的data文件转化为.psf和prm文件
本帖最后由高章磊于 2025-9-25 14:13 编辑

我的计算流程为先通过MD使得体系（包含有寡聚体高分子，水，反离子）平衡，然后利用CP2K的QMMM结合CDFT计算功能计算寡聚体高分子内部的电荷转移效率kET。目前MD计算部分已经顺利完成，使用cp2k单独计算一个分子的kET也成功了。但是在写这个结合QMMM和CDFT计算部分的输入文件时出现了一些问题（这部分内容在我参加了2024年3月的cp2k培训班后仍没有找到合适的例子可供参考学习）。例如在LAMMPS中一般力场和链接方式都写在data文件中，但好像在cp2k里必须分开写在.psf文件和.prm文件中。而这一步转化我尝试了无数的方法包括用python的包识别并转化，用conda环境的pramed包转化等等都无一例外失败了。请问是否有好的办法将lammps的data文件转化为cp2k可识别的力场和拓扑文件呢？或者利用.lammpstrj文件可以操作也可以？
一下为我的体系的一些详细信息：
1.体系包含64个带电与中性的寡聚体高分子
2.体系包含1624个水分子
3.体系中带电的寡聚体高分子均被Cl-平衡电荷所以体系整体电中性
4.寡聚体是一种OMIECs材料，我添加了图片，也可以在网上搜p(g2T-T)即可很容易找到
希望得到的解决方案或者指导如下：
1.利用lammps输出文件创建cp2k力场和拓扑文件的方式
2.QMMM+CDFT文件书写时的大致框架或者模板及注意事项
3.整体研究合理性的评价
希望得到懂行的人的真诚指导，本人感激不尽！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-18 19:51
QMMM能影响QM区CDFT计算结果的只有原子电荷对QM部分产生的静电势而已，没必要用QMMM，直接设置背景点电荷就完了（如同下文），此时完全不牵扯到力场参数的事
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）

作者
Author: 高章磊 时间: 2025-9-25 14:19

sobereva 发表于 2025-9-18 19:51
QMMM能影响QM区CDFT计算结果的只有原子电荷对QM部分产生的静电势而已，没必要用QMMM，直接设置背景点电荷就 ...

感谢卢天老师的指导，我用链接中提出的方法进行了簇模型的导出。由于我的分子本身比例子中的分子大很多，所以整个簇的原子总数达到了2783个。目前还没有进行例子中的氢原子位置矫正和单独环境分子的电荷计算。我现在比较担心的时优化氢原子位置这一步以及后面最后把整个簇放到cp2k算CDFT这一步是否能算的动。还有就是这种计算会把所有原子（2783个）坐标都写入CDFT的输入文件进行计算吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-25 22:11

高章磊发表于 2025-9-25 14:19
感谢卢天老师的指导，我用链接中提出的方法进行了簇模型的导出。由于我的分子本身比例子中的分子大很多， ...

xtb里用GFN-FF分子力场优化几千原子没什么难的
能否算得动取决于CDFT作为QM部分的原子数，2700多没戏，但如果只有几百原子，而其它作为背景电荷，原理上没问题

作者
Author: 高章磊 时间: 2025-9-29 11:44

sobereva 发表于 2025-9-25 22:11
xtb里用GFN-FF分子力场优化几千原子没什么难的
能否算得动取决于CDFT作为QM部分的原子数，2700多没戏， ...

我明白了，当我获得了蔟里面环境和中心分子的电荷后，我仍然使用CP2K的QMMM计算功能算CDFT，只是MM部分只需要设置电荷而不需要设置任何力场之类的，同时CDFT所在的QM部分和普通的CDFT计算相同。我的理解正确吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-30 05:48

高章磊发表于 2025-9-29 11:44
我明白了，当我获得了蔟里面环境和中心分子的电荷后，我仍然使用CP2K的QMMM计算功能算CDFT，只是MM部分只 ...

如果你不做几何优化这种涉及结构变化的过程的任务，是

作者
Author: 高章磊 时间: 2025-10-3 13:19

sobereva 发表于 2025-9-30 05:48
如果你不做几何优化这种涉及结构变化的过程的任务，是

很抱歉再次打扰sob老师，我已经完成了关于背景电荷的计算，就是在这个仅包含背景电荷的MM的QMMM结合CDFT计算的输入文件的创建上频繁出现各种小问题，总觉得自己的文件就算写出来也可能有问题，我想问一下有没有类似的计算的例子或者模板可供参考学习呢？（仅进行CDFT计算的话我看到教材中已经有很详细的教程了，我也自己成功进行了关于我这个分子的计算，就是如果要嵌入QMMM计算中的话输入文件的写法感觉有点没有头绪）

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