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标题: 求助：关于判断有机物是否溶于水的能量计算 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 2025-9-18 18:47
标题: 求助：关于判断有机物是否溶于水的能量计算
本帖最后由 oillio 于 2025-9-19 08:46 编辑

老师们好，我模拟了一段有机物在水中的轨迹，虽然没有明显分层但有机物有聚集的倾向，肉眼不好分辨（可视化截图已附在下面）。而实验表明它与水互溶，呈单相。我算了一下有机物质心间的RDF如图.
我还想计算一下有机物-有机物、有机物-水之间的能量再进行比较来判断在热力学层面它是否倾向于溶于水中。

①首先是有机物与水之间的能量计算：
我的轨迹文件是fixed_md.xtc（用-pbc mol修正了周期性）
gmx mdrun -deffnm md -rerun fixed_md.xtc -e rerun.edr
gmx energy -f rerun.edr
提取LJ-SR和Coulomb-SR 进行加和

②然后是有机物-有机物之间的能量计算：
先用gmx trjconv得到只含有机物的结构文件nowat.gro和轨迹文件fixed_nowat.xtc
然后运行gmx grompp -f md.mdp -c nowat.gro -p nowat_topol.top -o nowat.tpr得到tpr文件
gmx mdrun -deffnm nowat -rerun fixed_nowat.xtc -e 2_rerun.edr
gmx energy -f 2_rerun.edr
提取LJ-SR和Coulomb-SR 进行加和

然后比较①和②的绝对值，请问各位老师这样可行吗？感谢各位老师解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-19 00:38
截图不得当附件上传，必须直接贴。仔细看置顶的社员必读贴了解贴图规则，尺寸过大（如你的居然达到了1.1MB）的必须恰当处理后再上传。附件已删除处理
必读贴明确说了：

提醒2：发图前必须通过图像处理软件如IrfanView、Photoshop等恰当设置图片像素，对jpg图像还应恰当设定压缩率，以避免文件过大，导致浪费宝贵的论坛空间、帖子加载缓慢。有较多色彩变化的图片建议使用jpg格式。目前论坛允许上传的图片格式为png、jpg、tiff、gif，图片最大尺寸限制为600KB（只要图片处理得当，这个限制足够保证图像能够清晰地显示出来）。如果是gif动图，请不要直接上传，因为被论坛打上水印后动态效果就没了。不许把图片文件压缩成rar、zip等格式作为附件上传，否则别人还得先解压才能看到，纯粹是给别人造成麻烦。

作者
Author: oillio 时间: 2025-9-19 08:46

sobereva 发表于 2025-9-19 00:38
截图不得当附件上传，必须直接贴。仔细看置顶的社员必读贴了解贴图规则，尺寸过大（如你的居然达到了1.1MB ...

好的老师，我已重新上传。请老师指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-20 02:30
这么比较能量没法判断是否倾向于溶在水中
倘若每个有机分子都处于小团簇状态，没有真正完全分散开，但平均来说每个小分子周围的水远比其它有机分子多，算出来肯定还是和水的相互作用能的大小更大
如果做个PMF，将两个有机分子距离逐渐拉开，发现体现随着拉开，自由能先降低，然后保持平稳不变，那倒是能从热力学上能证明有机分子间有自发在溶剂中分开的倾向

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