计算化学公社

标题: 模拟多肽电荷问题 [打印本页]

作者
Author: wanwen 时间: 2025-9-18 20:20
标题: 模拟多肽电荷问题
您好。卢老师，我目前正在通过Gromacs来模拟水溶液中的无序多肽histatin 5（24个氨基酸）,遇到问题如下：下图是文献里中性下残基带电情况，绿色，白色残基不带电，红色带正电，蓝色带负电，故而总电荷为+5。我的模型是通过一个建模软件（tinker），然后通过pdb2pqr网站进行中性下质子化得到，尽管gmx pdb2gmx后显示电荷为+5，但我在查看.top文件发现，与图一不同的点在于，第一个残基天冬氨酸（D）不带电，最后一个残基酪氨酸（Y）带负电，其他情况一样。非常感激老师百忙中能回答！
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-19 00:45
不同程序判断的带电情况往往不同，如果文献里的质子化状态依据充分，不是臆测的，模拟时候就按那样的质子化态模拟。否则按pdb2pqr给出的

作者
Author: enthalpy 时间: 2025-9-19 18:35
D1 由于处于N端, 其中NH3带正电，因此D1的净电荷是0。又必要指出的是His的等电点在pH6 附近，因此还有考虑溶液pH值。

作者
Author: wanwen 时间: 2025-9-23 22:50

sobereva 发表于 2025-9-19 00:45
不同程序判断的带电情况往往不同，如果文献里的质子化状态依据充分，不是臆测的，模拟时候就按那样的质子化 ...

好的谢谢卢老师，我想再请教一个问题，似乎力场里的.rtp文件里关于原子名称的命名都是脱水缩合后的原子的名字，我这个多肽的两端分别都是质子化后的，对于N基上多余的两个H,我直接命名为HA，对于C基上多余的氧,我直接命名为O,请问这样可以吗

作者
Author: wanwen 时间: 2025-9-23 22:50

enthalpy 发表于 2025-9-19 18:35
D1 由于处于N端, 其中NH3带正电，因此D1的净电荷是0。又必要指出的是His的等电点在pH6 附近，因此还有考虑 ...

嗯嗯，非常感谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-24 03:54

wanwen 发表于 2025-9-23 22:50
好的谢谢卢老师，我想再请教一个问题，似乎力场里的.rtp文件里关于原子名称的命名都是脱水缩合后的原子的 ...

怎么处理和你用的力场有关
GROMACS自带的AMBER目录下的rtp直接定义了位于链中间和末端的残基，如果是GROMOS等力场，aminoacids.c.tdb和.n.tdb文件分别定义了对碳端和氮端残基怎么处理。先把pdb2gmx的规则搞清楚

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: wanwen 时间: 2025-9-24 14:47

sobereva 发表于 2025-9-24 03:54
怎么处理和你用的力场有关
GROMACS自带的AMBER目录下的rtp直接定义了位于链中间和末端的残基，如果是GRO ...

嗯好的，非常感谢老师您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)