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标题: gmx2pdb报错提示的残基编号对应的氨基酸与pdb中对不上 [打印本页]

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作者
Author: KazusaT    时间: 2025-9-19 00:38
标题: gmx2pdb报错提示的残基编号对应的氨基酸与pdb中对不上


各位老师好，最近在进行含有非标准氨基酸蛋白的模拟，使用sobtop工具构建了rtp条目后随便搞了一个pdb用来测试rtp条目和hdb文件编写是否正确，使用的命令如下：
gmx pdb2gmx -f .\testrtp.pdb -o test.gro -ff amber19sb -ignh
之后报错：
Fatal error:
Residue 3 named LMA of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom C used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.


LMA为编辑过的赖氨酸，即我使用的非标准残基，然而我用于测试的文件是GLY-LMA-GLY，residue3对应的根本不是LMA，请问这种情况怎么解决？

测试pdb作为附件上传，rtp中LMA相关条目为：
[ LMA ]
  [ atoms ]
  ; Name        type          charge    chg grp
     N1          N         -0.3976005430      1
     H2          H          0.2652278046      2
     C3          CT        -0.2221055101      3
     H4          H1         0.1297590841      4
     C5          CT         0.1628087828      5
     C6          C          0.6515984075      6
     H7          HC         0.0003253387      7
     H8          HC         0.0003253387      8
     C9          CT        -0.0512850643      9
     O10         O         -0.5624298351     10
     H11         HC         0.0143695187     11
     H12         HC         0.0143695187     12
     C13         CT        -0.1434419752     13
     H14         HC         0.0351074812     14
     H15         HC         0.0351074812     15
     C16         CT         0.4698012210     16
     H17         H1        -0.0462972567     17
     H18         H1        -0.0462972567     18
     N19         N         -0.6239073109     19
     H20         H          0.3238520352     20
     C21         CT         0.0789216254     21
     H22         HC         0.0180339240     22
     C23         CT        -0.1503586640     23
     H24         HC         0.0417268001     24
     H25         HC         0.0417268001     25
     H26         HC         0.0417268001     26
     C27         CT        -0.1620758962     27
     H28         HC         0.0443269901     28
     H29         HC         0.0443269901     29
     H30         HC         0.0443269901     30
     C31         C          0.5074289788     31
     O32         O         -0.5593985989     32

后面为bond、angle等

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