计算化学公社

标题: orca的AIMD并行效率低，求解 [打印本页]

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Author: Boer 时间: 2025-9-19 11:38
标题: orca的AIMD并行效率低，求解
各位老师同学们好，组内的小服务器提交ORCA任务，48核心96进程，orca版本5.0.4，openmpi版本4.1.1。使用ORCA进行AIMD任务，提交任务后，显示正常运行，但是进入节点后使用top命令，观察到cpu利用率存在很大波动，运行几分钟后，直接掉到个位数，导致AIMD每一步的耗时极其不稳定。在没有其他任务运行的情况下，调整核数(12\24\48\96)、openmpi版本(411\415\418\)，orca版本(504\610)，绑定核心(--bind-to core)后，这台小机器上跑orca都存在这样的问题。调用同样的openmpi使用cp2k则不会出现类似的问题，各位老师同学有什么办法吗

（附上cp2k和orca任务的耗时，两张orca图片为同一任务。）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-9-19 13:02
改用最新版ORCA（6.1.0）试试。比较早的ORCA版本跑AIMD的时候，有一些不必要的I/O，拖慢了速度

作者
Author: Boer 时间: 2025-9-19 15:02

wzkchem5 发表于 2025-9-19 13:02
改用最新版ORCA（6.1.0）试试。比较早的ORCA版本跑AIMD的时候，有一些不必要的I/O，拖慢了速度

王老师，orca610也这样

同样的任务换别的机器上跑，时间都在正常范围内波动
不知道是不是这台小机器哪里有问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-9-19 18:09

Boer 发表于 2025-9-19 15:02
王老师，orca610也这样
同样的任务换别的机器上跑，时间都在正常范围内波动
不知道是不是这台小机 ...

抱歉我没看到你后面说你换了ORCA 6.1.0。
你提供一下你的机器的详细配置信息，运行时内存消耗情况，硬盘有多少空间等

作者
Author: Leeee 时间: 2025-9-19 20:38
本帖最后由 Leeee 于 2025-9-19 20:42 编辑

我去年测试过很多硬件，计算速度很慢，最后是用的固态硬盘解决的，因为orca似乎大部分时间都是在读写的。

作者
Author: Boer 时间: 2025-9-20 16:06
本帖最后由 Boer 于 2025-9-20 16:09 编辑

wzkchem5 发表于 2025-9-19 18:09
抱歉我没看到你后面说你换了ORCA 6.1.0。
你提供一下你的机器的详细配置信息，运行时内存消耗情况，硬盘 ...

好的，谢谢王老师的回复！以下附上机器信息
CPU型号： Intel(R) Xeon(R) Gold 6342 CPU @ 2.80GHz (48核96线程)
内存情况
  total       used       free    shared  buff/cache available
Mem:          188G       41G       142G       216M       3.7G       145G
Swap:       4.0G       0B       4.0G
操作系统：CentOS Linux 7 (Core)
另附上满核运行时节点top指令后的界面情况

作者
Author: Boer 时间: 2025-9-22 08:57

Leeee 发表于 2025-9-19 20:38
我去年测试过很多硬件，计算速度很慢，最后是用的固态硬盘解决的，因为orca似乎大部分时间都是在读写的。

谢谢您的回复，请问我遇到的这个情况需要更换固态硬盘才能解决吗

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