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标题: 求助：淀粉的pdb文件，改了残基名之后，在ambertools中生成拓扑时报错 [打印本页]

作者
Author: weifang 时间: 2025-9-19 15:17
标题: 求助：淀粉的pdb文件，改了残基名之后，在ambertools中生成拓扑时报错
本帖最后由 weifang 于 2025-9-19 15:21 编辑

由于我想在gromacs中对淀粉片段进行动力学模拟，但不改淀粉的残基名会在gromacs中显示三个组别，所以想统一淀粉的残基名以在gromacs中显示一个组别
在amberools的tleap模块中生成淀粉片段的拓扑文件时，改了其残基名之后，在check starch这一步时报错
淀粉片段显示有三个残基名：ROH 4GA 0GA
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改了残基名为GLC
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
报错显示
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gromacs中淀粉被分为了三个组别
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-19 15:31
本帖最后由 student0618 于 2025-9-19 16:13 编辑

其实最简单的是不要手动改名字，gromacs用gmx make_ndx把他们分同一组，之后要用-n 该index file选那一组就可以了。

作者
Author: weifang 时间: 2025-9-19 16:43
不知道为什么我用gmx make_ndx去组合的时候，输入2|3|4，组合不上，再一次输gmx make_ndx的时候还是没有这个组

作者
Author: enthalpy 时间: 2025-9-19 19:17
本帖最后由 enthalpy 于 2025-9-19 19:19 编辑

weifang 发表于 2025-9-19 16:43
不知道为什么我用gmx make_ndx去组合的时候，输入2|3|4，组合不上，再一次输gmx make_ndx的时候还是没有这 ...

gmx make_ndx 输入 2-4 就可以。

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