计算化学公社

标题: win系统下如何用懒人脚本计算RESP原子电荷？ [打印本页]

作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-21 18:30
标题: win系统下如何用懒人脚本计算RESP原子电荷？
第一个问题：已经对接好的蛋白质-配体复合物pdbqt文件中有原子电荷，我需要重新计算配体的RESP原子电荷吗？
第二个问题：由于我是windows系统，按照卢老师的教程“计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元”做，我将RESP.sh文件放在有Multiwfn.exe和配体文件的目录下，然后打开Multiwfn.exe，输入“RESP.sh LIG.mol2 0 1 water”指令后出现"RESP.sh LIG.mol2 0 1 water" cannot be found, input again 的问题，请问windows系统下如何使用懒人脚本计算RESP原子电荷呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-9-21 18:37
cmder可以在win下模拟linux的环境，从而也可以使用懒人脚本。你只需要把相应的调用的软件改成win下的绝对路径就行了。

运行sh RESP.sh LIG.mol2 0 1 water就行了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-21 22:01
非要让脚本调用Windows版Gaussian的话，记得还要自己设GAUSS_EXEDIR环境变量

我明显更推荐用vmware装个linux虚拟机，让脚本调用Linux版本的Gaussian，对于核不少的情况下比windows版效率高得多

参考
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://sobereva.com/454（http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html）

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作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-23 10:09

牧生发表于 2025-9-21 18:37
cmder可以在win下模拟linux的环境，从而也可以使用懒人脚本。你只需要把相应的调用的软件改成win下的绝对路 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-23 10:09

sobereva 发表于 2025-9-21 22:01
非要让脚本调用Windows版Gaussian的话，记得还要自己设GAUSS_EXEDIR环境变量

我明显更推荐用vmware装个l ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-23 11:19

sobereva 发表于 2025-9-21 22:01
非要让脚本调用Windows版Gaussian的话，记得还要自己设GAUSS_EXEDIR环境变量

我明显更推荐用vmware装个l ...

老师，我图方便用cmder模拟linux环境，但是调用脚本时出现了如下问题，
λ /e/gromacs/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64/RESP.sh LIG.mol2
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
/e/gromacs/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64/RESP.sh: line 50: Multiwfn: command not found
awk: fatal: cannot open file `tmp.xyz' for reading (No such file or directory)
rm: cannot remove 'tmp.xyz': No such file or directory
Running optimization task via Gaussian...
/e/gromacs/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64/RESP.sh: line 75: g09: command not found
The optimization task has failed! Please check content of gau.out to find reason
The script is terminated
我要计算的文件时LIG.mol2，但是提示的是我没有tmp.xyz文件，这种情况该如何解决呢？

作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-23 11:47

牧生发表于 2025-9-21 18:37
cmder可以在win下模拟linux的环境，从而也可以使用懒人脚本。你只需要把相应的调用的软件改成win下的绝对路 ...

老师，我按您的建议用cmder模拟linux环境，但是调用脚本时出现了如下问题，
λ /e/gromacs/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64/RESP.sh LIG.mol2
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
/e/gromacs/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64/RESP.sh: line 50: Multiwfn: command not found
awk: fatal: cannot open file `tmp.xyz' for reading (No such file or directory)
rm: cannot remove 'tmp.xyz': No such file or directory
Running optimization task via Gaussian...
/e/gromacs/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64/RESP.sh: line 75: g09: command not found
The optimization task has failed! Please check content of gau.out to find reason
The script is terminated
我要计算的文件时LIG.mol2，但是提示的是我没有tmp.xyz文件，这种情况该如何解决呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-9-23 12:38
本帖最后由牧生于 2025-9-23 14:07 编辑

/e/gromacs/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64/RESP.sh: line 50: Multiwfn: command not found

你没有配置好Multiwfn，没法唤起Multiwfn
你似乎也没有配置好gaussian，没法唤起g09

你看我在win下跑的，我用的是orca
https://www.bilibili.com/video/BV1vbJrzVEaF/

作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-24 15:40

牧生发表于 2025-9-23 12:38
/e/gromacs/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64/RESP.sh: line 50: Multiwfn: command not found

老师，我的multiwfn放在cmder所在目录，且将RESP.sh文件中的G09改为G16（因为我发现我用的是G16版本），但是依旧出现如下错误
E:\cmder
λ sh RESP.sh LIG.mol2
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
E:/cmder/Multiwfn.exe: error while loading shared libraries: libiomp5md.dll: cannot open shared object file: No such file or directory
awk: fatal: cannot open file `tmp.xyz' for reading (No such file or directory)
rm: cannot remove 'tmp.xyz': No such file or directory
Running optimization task via Gaussian...
RESP.sh: line 75: g16: command not found
The optimization task has failed! Please check content of gau.out to find reason
请问是不是我没有给resh脚本增加可执行权限呢，如果是的话这个权限增加在cmder用的指令该怎么写呀？

作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-24 16:19

sobereva 发表于 2025-9-21 22:01
非要让脚本调用Windows版Gaussian的话，记得还要自己设GAUSS_EXEDIR环境变量

我明显更推荐用vmware装个l ...

老师，我现在双管齐下，真没招了，我把g16的一串文件全放在cmder所在目录下面，然后出现了以下情况E:\cmder
λ sh RESP2.sh LIG.mol2
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
delta parameter is 0.5

Running optimization task under solvent via Gaussian...
请问sob老师这个选项任务为什么一直不出来呢？是要我直接写吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-9-24 16:35
本帖最后由牧生于 2025-9-24 16:42 编辑

XuMon 发表于 2025-9-24 16:19
老师，我现在双管齐下，真没招了，我把g16的一串文件全放在cmder所在目录下面，然后出现了以下情况E:\cmd ...

E:/cmder/Multiwfn.exe: error while loading shared libraries: libiomp5md.dll: cannot open shared object file: No such file or directory

复制代码

这个应该是没有配置好Multiwfn

下一楼，看起来应该没问题，你用一个甲烷分子先试试流程。

作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-24 17:06

牧生发表于 2025-9-24 16:35
这个应该是没有配置好Multiwfn

好的老师

作者
Author: XuMon 时间: 2025-9-25 08:31

牧生发表于 2025-9-24 16:35
这个应该是没有配置好Multiwfn

老师，我跑了一个甲烷分子后，还是一直running，然后终止了，看了Gau.out文件后，报错的内容是这样的 Entering Gaussian System, Link 0=E:\cmder\g16.exe
Initial command:
l1.exe ".\Gau-5104.inp" "no-output-file" /scrdir=".\"
我查找了一下我没有Gau-5104.inp这个文件，请问这个该怎么解决呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-9-25 09:26
本帖最后由牧生于 2025-9-25 09:29 编辑

XuMon 发表于 2025-9-25 08:31
老师，我跑了一个甲烷分子后，还是一直running，然后终止了，看了Gau.out文件后，报错的内容是这样的 Ent ...

具体深层次的原因，我就不清楚了。

我主要用的是免费的orca，没发现任何不妥。

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