计算化学公社

标题: Pka计算结果为负数求助 [打印本页]

作者
Author: nakamori 时间: 2025-9-22 17:39
标题: Pka计算结果为负数求助
大家好，我用gaussain计算分子的pKa。计算步骤按照sob老师计算甲酸的Pka流程，计算结果为负数。实在找不到问题所在，还请各位大佬帮我看看问题出在了哪里。
附件是我的计算文件和输出结果。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2025-9-22 18:40
pKa不能是负数吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-23 00:00
有的输入文件用M06-2X有的用CBS-QB3，根本不统一
上传的每个文件都必须解释清楚对应什么，免得别人猜

作者
Author: nakamori 时间: 2025-9-23 13:25

sobereva 发表于 2025-9-23 00:00
有的输入文件用M06-2X有的用CBS-QB3，根本不统一
上传的每个文件都必须解释清楚对应什么，免得别人猜

不好意思，文件中6和6-H为使用CBS-QB3计算气相自由能，6-G、L以及6-H-G、L为分别为使用M062X/6-31G*计算溶解自由能

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-24 04:25
看了你的文件，没明显问题
当前是阳离子，可能实际就是很容易脱去H+，因而去质子过程自由能降低很多

唯一疑点是geom=allcheck读的结构不知道是哪来的，最好用相应质子化态在溶剂模型下优化的结构。另外，溶解自由能也可以尝试用uESE，结果可能更好
比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
http://sobereva.com/593（http://bbs.keinsci.com/thread-22879-1-1.html）

作者
Author: nakamori 时间: 2025-9-24 20:00

sobereva 发表于 2025-9-24 04:25
看了你的文件，没明显问题
当前是阳离子，可能实际就是很容易脱去H+，因而去质子过程自由能降低很多

感谢老师的解答。另外，我计算PKA是想评估中性分子，也就是6，结合质子形成阳离子6-H的能力，使用PKa来评估是否准确

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-24 22:21

nakamori 发表于 2025-9-24 20:00
感谢老师的解答。另外，我计算PKA是想评估中性分子，也就是6，结合质子形成阳离子6-H的能力，使用PKa来评 ...

对于这个目的本身来说，算质子的结合自由能就完了，最为直接，虽然转化成pKa判断也可以

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