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标题: 固定距离的、含有氢键的团簇分子是如何建模的？ [打印本页]

作者
Author: 知食分子 时间: 2025-9-22 17:40
标题: 固定距离的、含有氢键的团簇分子是如何建模的？
目前我正在尝试复现一篇论文，链接如下：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.0c03625。
该论文描述到他的模型是通过Packmol先后将20个BHTA分子和1800个十六烷分子填充进入8*8*15 nm3的盒子中。并且20个BHTA分子之间的距离是固定的，BHTA分子间的距离与XRD和FTIR的测试结果一致，距离固定为0.45 nm。随后将十六烷分子填充进盒子中至自然密度。尝试用avogadro先建模20个分子间距离固定的BHTA分子，再用packmol填充十六烷分子，但总是做不好。想问一下大家，这种固定距离的、含有氢键的团簇分子是如何建模的？模型图片见附件。 (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-23 00:07
packmol的atom条目可以直接控制原子

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-23 00:13
用gmx genconf就可以平移+复制单分子结构构成一排。前提是分子gro文件里有恰当的盒子信息，盒子尺寸决定平移复制后分子间间距
也可以gmx insert-molecules结合-ip指定分子出现的坐标，同时结合-rot none不允许加入的时候分子随意旋转。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）介绍的用法：
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作者
Author: 知食分子 时间: 2025-9-23 11:29
本帖最后由知食分子于 2025-9-23 17:09 编辑

sobereva 发表于 2025-9-23 00:13
用gmx genconf就可以平移+复制单分子结构构成一排。前提是分子gro文件里有恰当的盒子信息，盒子尺寸决定平 ...

非常感谢sobereva老师的无私帮助，现在来交作业了。不过我还是有一些困惑，我试了一下分子间的距离最近只能设置为0.6 nm, 距离设置为0.5 nm时就开始插入失败了，但是论文中提到分子间距离是0.45 nm，而且这个距离是根据XRD测试得到的。距离太远的话，没法形成很强的分子间作用力，跑一下就散了。所以想知道我哪个步骤做错了呢？file:///home/xiaochangren/%E5%9B%BE%E7%89%87/wechat_2025-09-23_112336_720.png如何才能让分子间形成强的分子间作用力呢？

作者
Author: 知食分子 时间: 2025-9-23 14:20

KazusaT 发表于 2025-9-23 00:07
packmol的atom条目可以直接控制原子

非常感谢。目前用sobereve老师推荐的gmx insert-molecules方法初步实现了20个分子的堆叠排列，并将距离控制在了0.6 nm。

作者
Author: pal 时间: 2025-9-23 14:37
这种可以看做分子整体平移的排列，定好移动的方向，然后根据距离和初始分子的坐标就可以计算出来平移后的坐标了吧

作者
Author: 知食分子 时间: 2025-9-23 18:23

pal 发表于 2025-9-23 14:37
这种可以看做分子整体平移的排列，定好移动的方向，然后根据距离和初始分子的坐标就可以计算出来平移后的坐 ...

后面是这么干的，用的gmx insert-molecules命令。可是如图5所示，原论文中20个BHTA分子之间不仅是距离固定，而且是分子之间有氢键的。平移排列，分子间的氢键作用很难保留。

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