计算化学公社

标题: Linux版本ORCA串行运算没问题，并行运算出错 [打印本页]

作者
Author: 594yy 时间: 2025-9-23 11:10
标题: Linux版本ORCA串行运算没问题，并行运算出错
本帖最后由 594yy 于 2025-9-23 13:27 编辑

本人在Linux的集群上采用ORCA软件进行单点能计算，把计算核心数设置为1时候，运算可以正常结束，但是把核心数设置为大于等于2时，出现以下截图报错，请教各位这是什么问题？附件中是本人输入文件及输出的报错文件。
本人已经尝试过的做法：1、.bashrc里面已经添加过路径；2、输入mpirun -version命令后显示的是mpirun (Open MPI) 4.1.6，与本人安装的ORCA需求的openmpi版本一致；3、输入文件在windows版本的ORCA中已经测试过，没有问题。

作者
Author: abin 时间: 2025-9-23 11:34
Try to configure all the openmpi settings in your script, not in .bashrc file.

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-9-23 12:29
（1）输入文件显示的是DLPNO-CCSD(T)单点计算，不应称为“分子结构优化计算”。单点、结构优化、频率分析、IRC等常见任务名不能混用。
（2）把这一行
/XYFS01/pxy5/yy/gaussian/orca/orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416/orca HNC.inp > HNC.out
修改为如下4行
which mpirun
whereis mpirun
mpirun --version
/XYFS01/pxy5/yy/gaussian/orca/orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416/orca HNC.inp >HNC.out 2>&1
这样提交后还是会报错，然后上传最新的输出文件（输入文件不要修改，不然输入/输出不一一对应了），便于大家看报错信息。
（3）把你~/.bashrc文件中的openmpi环境变量展示一下，让大家看看有没写错/写得不合理

作者
Author: 594yy 时间: 2025-9-23 13:27

zjxitcc 发表于 2025-9-23 12:29
（1）输入文件显示的是DLPNO-CCSD(T)单点计算，不应称为“分子结构优化计算”。单点、结构优化、频率分析、 ...

（1）感谢指出，已修改内容。
（2）我把文件相关内容修改了，但依旧报错，报错输出文件在附件中。
（3）~/.bashrc文件中关于openmpi环境变量为：
export PATH=$PATH:/XYFS01/pxy5/yy/gaussian/orca/orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/XYFS01/pxy5/yy/gaussian/orca/orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416
alias orca='/XYFS01/pxy5/yy/gaussian/orca/orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416/orca'

（4）另外，我发现如果不用脚本提交任务，直接在命令框输入orca HNC.inp > HNC.out，输出结果正常，但是在执行过程中会出现如下警告信息：

WARNING: There was an error initializing an OpenFabrics device.

Local host: ln241
Local device: mlx5_2
--------------------------------------------------------------------------
[ln241:2808497] 3 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / error in device init
[ln241:2808497] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-9-23 13:49
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-9-23 13:53 编辑

594yy 发表于 2025-9-23 13:27
（1）感谢指出，已修改内容。
（2）我把文件相关内容修改了，但依旧报错，报错输出文件在附件中。
（3 ...

其中两行改成
export PATH=/XYFS01/pxy5/yy/gaussian/orca/orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/XYFS01/pxy5/yy/gaussian/orca/orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416:$LD_LIBRARY_PATH
应该就没问题了。

注意，这只能解决你ORCA的mpirun问题，若你机子上有多个版本mpirun共存（例如VASP和CP2K用了另一个版本的mpirun），则需进行版本管理，上述修改会破坏VASP和CP2K默认使用的mpirun。同一台机子，不同时刻使用不同版本mpi，粗糙的办法是将mpi环境变量写进提交任务的脚本，每次激活需要使用的版本；优雅的办法是使用modulefile管理不同版本程序，每次对需要的程序进行module load。你需要明白这其中的道理和优缺点，不然过两天可能又要发帖“为什么我的CP2K/VASP跑不了，报mpi错误”

作者
Author: 594yy 时间: 2025-9-23 20:49

zjxitcc 发表于 2025-9-23 13:49
其中两行改成
export PATH=/XYFS01/pxy5/yy/gaussian/orca/orca_6_0_1_linux_x86-64_shared_openmpi416: ...

十分感谢，成功解决了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)