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标题: 分子内反应的能量分解问题 [打印本页]

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Author: DFT.. 时间: 2025-9-23 19:03
标题: 分子内反应的能量分解问题
本帖最后由 DFT.. 于 2025-9-24 11:46 编辑

各位老师，我目前在做与大环分子葫芦脲（CB[n]）相关的主客体间弱相互作用的分析工作。我想看一下引入CB[7]前后，参与反应的两片段间能量变化情况，于是打算做能量分解，以下是遇到的问题：
（1）由于是分子内反应，所以采用EDA-FF做能量分解，我将含有苯环部分和含有乙烯部分分别定义片段成1、2（将C1-C18及C16-C12键断开），但能量分解结果好像不太合理。之前也有尝试用sobEDA/sobEDAw，将N17-C16键断开划分成两个片段进行能量分解，但结果好像都不太合理。不清楚是操作的问题？还是本体系不适合用EDA-FF进行能量分解？（结构及能量分解结果在附件）
（2）想了解一下，哪些弱相互作用的分析可以跟体系的熵、焓相关联？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-23 23:24
EDA-FF的结果严重取决于力场和片段的划分。没有计算细节，包括结构的来源（是否优化过）、怎么选择的原子类型、每个片段具体包含哪些原子（精确到所有原子序号），没法说xrep那项为什么那么高。

而且你当前的结构貌似是D-A加成过渡态，EDA-FF完全不适合这种情况。sobEDA此时可以用，但没有提供任何相关文件没法判断结果合理性

作者
Author: DFT.. 时间: 2025-9-24 11:48

sobereva 发表于 2025-9-23 23:24
EDA-FF的结果严重取决于力场和片段的划分。没有计算细节，包括结构的来源（是否优化过）、怎么选择的原子类 ...

老师，当前结构的确是D-A加成的过渡态（分子内DA反应），sobEDA的输入文件及分解结果我重新上传到附件了，麻烦老师再看一下(原先附件中的“能量分解结果”图有错误，最新的附件里做了更正)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-24 22:10

DFT.. 发表于 2025-9-24 11:48
老师，当前结构的确是D-A加成的过渡态（分子内DA反应），sobEDA的输入文件及分解结果我重新上传到附件了 ...

我不知道你是只需要研究苯环和乙烯之间的相互作用，还是下图红蓝两个片段间总的相互作用。如果是前者，应当把苯环和乙烯部分抠出来，边缘用氢饱和，当成两个闭壳层片段来算。如果是后者，fragment.txt里第二个片段的自旋多重度必须设成-2，并且不建议开counterpoise（iCP=1），见《计算化学键键能时以counterpoise方式考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的》（http://sobereva.com/381）。

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作者
Author: DFT.. 时间: 2025-9-24 22:24

sobereva 发表于 2025-9-24 22:10
我不知道你是只需要研究苯环和乙烯之间的相互作用，还是下图红蓝两个片段间总的相互作用。如果是前者，应 ...

老师，如果是前者的话，只需要将苯环和乙烯抠出来并加氢饱和，保存为sobEDA所需的.xyz文件就可以了吗？将苯环和乙烯抠出来并加氢饱和的结构不需要再做结构优化了吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-24 23:56

DFT.. 发表于 2025-9-24 22:24
老师，如果是前者的话，只需要将苯环和乙烯抠出来并加氢饱和，保存为sobEDA所需的.xyz文件就可以了吗？将 ...

是
不需要

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Author: DFT.. 时间: 2025-9-25 00:03

sobereva 发表于 2025-9-24 23:56
是
不需要

感谢sob老师的回复！

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