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标题: 求助：隐式溶剂模型计算分子的结合能结果为正 [打印本页]

作者
Author: pozumer 时间: 2025-9-24 17:51
标题: 求助：隐式溶剂模型计算分子的结合能结果为正
各位老师好，我在计算探针分子A和水分子B在酸性环境下的结合能时，采取了在旁边加了一个氢离子的方法，但是计算结合能的时候，用共同优化后的反应物结构能量E（AB）减掉探针分子的能量E（A）和水分子的能量E（B）后发现是结合能是正值，其中单独计算水和探针分子的能量E（A）、E（B）时都带上了代表酸性环境的氢离子，请问这种情况怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-25 02:56
水当中没有独立的氢离子存在，“旁边加了一个氢离子”毫无意义。B要么是水分子，要么是水合质子

作者
Author: pozumer 时间: 2025-9-25 15:58

sobereva 发表于 2025-9-25 02:56
水当中没有独立的氢离子存在，“旁边加了一个氢离子”毫无意义。B要么是水分子，要么是水合质子

感谢sob老师的热心回复。sob老师，水合氢质子的取向是否对计算结合能造成影响，是不是应该尽量让氢质子不与探针分子形成分子间弱相互作用。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-26 01:22

pozumer 发表于 2025-9-25 15:58
感谢sob老师的热心回复。sob老师，水合氢质子的取向是否对计算结合能造成影响，是不是应该尽量让氢质子不 ...

肯定会有影响。存在弱相互作用肯定没法避免，优化完了该在哪在哪。只不过初猜结构的不同会影响收敛的结构

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