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标题: 如何获取烷烃和聚合物分子粗粒化的pdb文件和itp文件 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2025-9-26 16:56
标题: 如何获取烷烃和聚合物分子粗粒化的pdb文件和itp文件
刚接触粗粒化模拟，有以下几个问题向各位请教：
1、我怎么获得烷烃分子和聚合物分子的粗粒化的pdb结构文件，以及对应的基于martini力场的itp文件？我尝试了使用polyply为做聚合物的，可以生成itp文件，好像也能用于生成pdb文件，但是烷烃分子的我该怎么生成呢（聚合物的polyply里面本来就有）？除了这个还有别的方式生成吗？
2、做粗粒化的时候，映射方式是由力场文件和pdb文件共同决定的吗，比如说我采用了martini2的力场，那我的粗粒化结构就应该是4C方式对应来画出一定数量的bead吗？
3、polyply里面的martini力场和martini官网的力场的映射方式一样吗？我如何判断每个力场采用的映射方式？
4、martinize这个工具可以用来实现获得烷烃或者聚合物的pdb和itp吗？hai'hsi'zhi'neng

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-26 17:26
本帖最后由 student0618 于 2025-9-26 21:39 编辑

1. 先看看有没有现成的参数，例如找Martini官网的小分子力场或github的database https://github.com/Martini-Force ... es/tree/main/models

没有的话可参考https://cgmartini.nl/docs/tutori ... le_Parametrization/ 教程

手动写或者文献找参数的话，Martini 有个legacy 小脚本molmaker.py (https://cgmartini.nl/docs/downlo ... es-from-their-.itps) 可以从itp 生成gro用gmx预优化，就是版本较老。

2. 看力场Particle definition确认mapping

3就最好自己对比一下力场定义，工具里面和相关文档应该都有的。

作者
Author: 牧生 时间: 2025-9-27 09:35
本帖最后由牧生于 2025-9-27 09:38 编辑

autoff可以生成小分子的粗粒化参数，但我从来没有成功的把得到的文件下载回来过。

见157楼 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ight=autoff&page=11

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2025-9-27 16:14

student0618 发表于 2025-9-26 17:26
1. 先看看有没有现成的参数，例如找Martini官网的小分子力场或github的database https://github.com/Martin ...

非常感谢！

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2025-9-27 16:14

牧生发表于 2025-9-27 09:35
autoff可以生成小分子的粗粒化参数，但我从来没有成功的把得到的文件下载回来过。

见157楼 http://bbs ...

非常感谢！

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