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标题: 实验室用多人跑分子对接、GROMACS和组学分析Python、R工作配置求指点 [打印本页]

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Author: M_DRP 时间: 2025-9-26 17:21
标题: 实验室用多人跑分子对接、GROMACS和组学分析Python、R工作配置求指点
各位老师好，本人所在实验室为合成生物学实验室，最近导师想要组一台工作站用于酶和底物分子动力学模拟以及组学分析，命令本小白给出一套配置，但本小白实在是黔驴技穷，多亏站内各位老师的配置参考，勉强选出一套配置，如下图
这个配置单目前只是初步查了一下京东的价格（截至20250926），麻烦各位老师多多指点，谢谢！

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-9-26 18:52
7532带5090简直是开玩笑，跑分子动力学模拟需要高主频CPU。参考社长博文http://sobereva.com/444里的配置。

作者
Author: zdb 时间: 2025-9-26 19:18
内存是PC内存，服务器的用recc的，最近内存涨疯了，哎，显卡和处理器这块也是不搭配的

作者
Author: David_R 时间: 2025-9-27 09:00
Indeed, given that your proposed workflows benefit greatly from GPU acceleration accompanied by high CPU frequencies, and you only have one GPU for the system, I recommend going with a AM5-based platform (e.g. 7950X or 9950X CPUs). One could argue that it would be better suited for a desktop/office environment too, especially while under load.

I also reiterate that if you want to go with the EPYC platform then you'll need to use registered ECC memory.

Some of the prices seem a little high to me - my understanding is that the RTX 5090D v2 ought to be considerably cheaper than that, around 1600 RMB?

作者
Author: 奔跑的西瓜 时间: 2025-9-27 13:36
酷冷T620S不支持SP3

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 01:07
非常感谢各位老师的指点，白天一直在实验室做湿实验，没来得及看各位老师的回复，非常抱歉，根据各位老师以及博文444的指点，我调整了一下配置单（价格截至0928），之前选择5090DV2主要是京东找不到卖5090的商家，我今天在淘宝搜索了一下5090，发现有名为公版32G涡扇版的，不知是真是假，请各位老师再指点一番，非常感谢！
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作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-9-28 07:13
本帖最后由 wbqdssl 于 2025-9-28 07:17 编辑

M_DRP 发表于 2025-9-28 01:07
非常感谢各位老师的指点，白天一直在实验室做湿实验，没来得及看各位老师的回复，非常抱歉，根据各位老师以 ...

7K62换9950X，主板对应跟着换。
用7K62这种低主频CPU你5090就当4070用吧。

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-9-28 09:59

M_DRP 发表于 2025-9-28 01:07
非常感谢各位老师的指点，白天一直在实验室做湿实验，没来得及看各位老师的回复，非常抱歉，根据各位老师以 ...

1. 主板可以用技嘉mz72-hb2，便宜一点
2. 散热可以用金钱豹
3. 显卡用5090Dv2即可。如果追求显存，那么5090D也就可以了。5090基本没保修，扯皮很麻烦。
这个配置的问题就是不能发挥显卡的全部能力。如果分子动力学和组学模拟不需要同时开展，可以考虑换9950X平台，便宜很多。

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 10:04

tonganlhy 发表于 2025-9-28 09:59
1. 主板可以用技嘉mz72-hb2，便宜一点
2. 散热可以用金钱豹
3. 显卡用5090Dv2即可。如果追求显存，那么 ...

谢谢老师，组学分析和动力学模拟应该会同时展开，刚刚上面那位老师说7K62带5090会与4070类似，我刚刚去京东查了一下4070的价格，发现12G显存的4070才3388，如果我把5090换成4到8张4070不知是否可行

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-9-28 10:10
4到8张 4070主要是主板要支持，而用了这样的主板再用4070就吕布骑狗。你们的组学分析建议调研一下，如果通量不大单台9950应该可以应付。实在不行你这个钱都可以配2台9950，一台带显卡专做动力学模拟，另一台纯cpu专做组学分析。

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 10:14

tonganlhy 发表于 2025-9-28 10:10
4到8张 4070主要是主板要支持，而用了这样的主板再用4070就吕布骑狗。你们的组学分析建议调研一下，如果通 ...

好的，谢谢老师，我再去调研调研

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 11:08

tonganlhy 发表于 2025-9-28 10:10
4到8张 4070主要是主板要支持，而用了这样的主板再用4070就吕布骑狗。你们的组学分析建议调研一下，如果通 ...

老师您好，刚刚调研了一下，我们这台工作站应该主做分子动力学模拟，我把CPU换成9V74，主板换成技嘉MZ33-AR0，显卡换成2张5080，内存也调整为DDR5，不知是否可行，谢谢！

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 11:08
本帖最后由 M_DRP 于 2025-9-28 11:10 编辑

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作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-9-28 11:25

M_DRP 发表于 2025-9-28 11:08

这个配置也不能很好发挥显卡性能。但可能比7532好一点。
我的建议是如果可以配两台机子，建议配两台。
如果不能，那么这台也凑合。cpu如果有靠谱渠道，可以考虑9654qs或者9b14，价钱上差不了多少。
内存最好换成16g*12，内存带宽才最理想。电源也不太够，建议1200以上，1600最好。
如果不需要同时开展2个分子动力学，那么5090D v2是更好的选择。如果实在要上两个5080，丐版的就可以，应该8000多就有了。

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 15:15

tonganlhy 发表于 2025-9-28 11:25
这个配置也不能很好发挥显卡性能。但可能比7532好一点。
我的建议是如果可以配两台机子，建议配两台。
...

非常感谢老师，已经按您的建议改完了，准备把配置单给导师看看了，非常感谢您这两天的鼎力相助！

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 15:16
[attach]120685[/attach]

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 15:17
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-9-28 15:55
本帖最后由 tonganlhy 于 2025-9-28 15:58 编辑

M_DRP 发表于 2025-9-28 15:17

显卡如果要买5090D建议从jd买，可以买影驰或者耕升，jd买的扯皮的情况要少一点。
主板还是用超微的h13ssl N，技嘉这个设计有问题，大显卡不好装

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 21:06

tonganlhy 发表于 2025-9-28 15:55
显卡如果要买5090D建议从jd买，可以买影驰或者耕升，jd买的扯皮的情况要少一点。
主板还是用超微的h13ss ...

谢谢老师，之前那个配置给老师看，老师基本已经同意了，同时我们走的是采购，含税可能比正常个人搜到的价格高，所以老师定的预算为6万，根据您的建议，我又修改了一下，再次非常感谢您
名称规格型号数量
CPU AMD EPYC 9654 1
主板超微H13SSL-NT 1
散热器 COOLSERVER金钱豹SP5 M99 CPU散热器压450W功耗6热管 1
机械硬盘希捷银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B) 1
固态硬盘三星 PM9A1 Pcle 4.0 NVMe M.2 2T固态硬盘 1
显卡影驰GeForce RTXTM 5090D 大将 32G GDDR7 1
运行内存三星 DDR5 RECC 4800MHz 16G 12
电源长城Fire白金全模组电源F16白金全模ATX3.1（额定1600W） 1
机箱追风者614PC+3个普通14 cm机箱风扇 1

作者
Author: M_DRP 时间: 2025-9-28 21:09

tonganlhy 发表于 2025-9-28 15:55
显卡如果要买5090D建议从jd买，可以买影驰或者耕升，jd买的扯皮的情况要少一点。
主板还是用超微的h13ss ...

不好意思，9654的QS少打了

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-9-29 08:36

M_DRP 发表于 2025-9-28 21:06
谢谢老师，之前那个配置给老师看，老师基本已经同意了，同时我们走的是采购，含税可能比正常个人搜到的价 ...

这样就差不多了

作者
Author: xsc6 时间: 2025-11-6 01:32
不是主要用gromacs做MD吗，为啥一定要用多核服务器cpu呢，9950这种高主频的不好么

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-11-6 09:04

xsc6 发表于 2025-11-6 01:32
不是主要用gromacs做MD吗，为啥一定要用多核服务器cpu呢，9950这种高主频的不好么

可能组学需要多核cpu吧。生信有些软件不能充分利用gpu

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